Parfait!! Bon maintenant. Comment évalue t'on le gamma ? Quel critère de temporalité est retenu ? Comment y intègre t'on les sauts ou accidents ? Que se passe t'il si les flux génétiques se recroisent ? Ou si un flux extérieur (genre retro-virus) s'intègre ? Uh...
Tout cela se modélise mais c'est un niveau trop avancé pour que je puisse le détailler sur cette chaine de vulgarisation. Mais pour vous répondre rapidement, oui il existe des méthodes statistiques pour estimer le paramètre alpha de la distribution gamma pour les taux de mutation hétérogènes le long des séquences, voir par exemple : pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7659011/ Les accélérations et ralentissements de l'évolution n'ont aucune importance dans ce type de modèle puisque le paramètre estimé est lambda*t et non lambda seul ou t seul. Vous avez aussi raison de souligner qu'un arbre des gènes n'est pas un arbre des espèces (hybridations, ILS, apports viraux, etc.) mais on peut modéliser l'arbre des espèces correspondant à un ensemble d'arbres de gènes non concaténés. Voir par exemple la gamme des méthodes ASTRAL : bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2129-y
Parfait!! Bon maintenant. Comment évalue t'on le gamma ? Quel critère de temporalité est retenu ? Comment y intègre t'on les sauts ou accidents ? Que se passe t'il si les flux génétiques se recroisent ? Ou si un flux extérieur (genre retro-virus) s'intègre ? Uh...
Tout cela se modélise mais c'est un niveau trop avancé pour que je puisse le détailler sur cette chaine de vulgarisation. Mais pour vous répondre rapidement, oui il existe des méthodes statistiques pour estimer le paramètre alpha de la distribution gamma pour les taux de mutation hétérogènes le long des séquences, voir par exemple : pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7659011/
Les accélérations et ralentissements de l'évolution n'ont aucune importance dans ce type de modèle puisque le paramètre estimé est lambda*t et non lambda seul ou t seul.
Vous avez aussi raison de souligner qu'un arbre des gènes n'est pas un arbre des espèces (hybridations, ILS, apports viraux, etc.) mais on peut modéliser l'arbre des espèces correspondant à un ensemble d'arbres de gènes non concaténés. Voir par exemple la gamme des méthodes ASTRAL : bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2129-y