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Évoluscope
France
Приєднався 1 бер 2024
Évoluscope est une chaine pour les amoureux de la biologie. 🧬🌿🔬
Elle est dédiée en particulier à la vulgarisation des concepts, des méthodes et des résultats de la phylogénétique et des sciences de l'évolution. Les vidéos d'Évoluscope vous invitent à découvrir les mystères de l'histoire évolutive des espèces et de leurs relations de parenté.
Cette chaine vous offre également des explications claires et accessibles pour comprendre les techniques de reconstruction des arbres phylogénétiques. 🧩🤔
#évoluscope #evoluscope #biologie #évolution #evolution #phylogénétique #phylogénie #cladistique #bioinformatique #espèce #SVT
Elle est dédiée en particulier à la vulgarisation des concepts, des méthodes et des résultats de la phylogénétique et des sciences de l'évolution. Les vidéos d'Évoluscope vous invitent à découvrir les mystères de l'histoire évolutive des espèces et de leurs relations de parenté.
Cette chaine vous offre également des explications claires et accessibles pour comprendre les techniques de reconstruction des arbres phylogénétiques. 🧩🤔
#évoluscope #evoluscope #biologie #évolution #evolution #phylogénétique #phylogénie #cladistique #bioinformatique #espèce #SVT
[Ép. 6] Reconstruire une Phylogénie avec le Neighbor-Joining
#algorithme #phylogénie #adn
Séquencer l’ADN nous permet de mesurer les distances génétiques entre les espèces, mais comment peut-on en déduire leurs relations de parenté ? Dans cette vidéo, je vous explique le fonctionnement de l’algorithme du Neighbor-Joining (NJ), une méthode révolutionnaire de reconstruction d’arbres phylogénétiques.
Nous verrons pourquoi les approches naïves comme l’UPGMA échouent et nous expliciterons le principe logique qui explique le succès du Neighbor-Joining. Vous découvrirez également les étapes clés de cet algorithme et pourquoi il reste si utilisé aujourd’hui, près de 40 ans après sa publication.
Si vous vous intéressez à l’évolution, à la bioinformatique ou aux méthodes de reconstruction phylogénétique, cette vidéo est faite pour vous ! Merci à Olivier Gascuel pour ses conseils !
Pour comprendre d'où viennent les formules utilisées dans cette vidéo je vous suggère de regarder cette vidéo : ua-cam.com/video/o2DmpaeR1fQ/v-deo.html
Et pour mieux comprendre la notion de distance génétique vous pouvez consulter le premier épisode de la chaine : ua-cam.com/video/1YK3i4EgSAU/v-deo.html
Sommaire de la vidéo :
00:00 - Introduction
01:08 - Rappels sur les distances
02:02 - L’invalidité de l’UPGMA
03:03 - Le critère du « Minimum d’Évolution »
03:49 - Initialisation de l’algorithme NJ
05:40 - Phase de regroupement de l’algorithme NJ
07:04 - Phase de réduction de l’algorithme NJ
08:04 - Résolution de l’arbre
10:12 - Améliorations de l’algorithme
10:49 - Conclusion
Références :
Pardi, F. (2022). Inférence phylogénétique : méthodes basées sur les distances. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, 151-176.
Van Noorden, R., Maher, B., & Nuzzo, R. (2014). The top 100 papers. Nature News, 514(7524), 550.
Mihaescu, R., Levy, D., & Pachter, L. (2009). Why neighbor-joining works. Algorithmica, 54, 1-24.
Gascuel, O., & Steel, M. (2006). Neighbor-joining revealed. Molecular biology and evolution, 23(11), 1997-2000.
Gascuel, O. (1994). A note on Sattath and Tversky's, Saitou and Nei's, and Studier and Keppler's algorithms for inferring phylogenies from evolutionary distances. Molecular Biology and Evolution, 11(6), 961-963.
Saitou, N., & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular biology and evolution, 4(4), 406-425.
#matrice #génétique #évoluscope #evoluscope #évolution #evolution #phylogénétique #bioinformatique #bioinformatics #vulgarisationscientifique #clustering #mathématiques
Séquencer l’ADN nous permet de mesurer les distances génétiques entre les espèces, mais comment peut-on en déduire leurs relations de parenté ? Dans cette vidéo, je vous explique le fonctionnement de l’algorithme du Neighbor-Joining (NJ), une méthode révolutionnaire de reconstruction d’arbres phylogénétiques.
Nous verrons pourquoi les approches naïves comme l’UPGMA échouent et nous expliciterons le principe logique qui explique le succès du Neighbor-Joining. Vous découvrirez également les étapes clés de cet algorithme et pourquoi il reste si utilisé aujourd’hui, près de 40 ans après sa publication.
Si vous vous intéressez à l’évolution, à la bioinformatique ou aux méthodes de reconstruction phylogénétique, cette vidéo est faite pour vous ! Merci à Olivier Gascuel pour ses conseils !
Pour comprendre d'où viennent les formules utilisées dans cette vidéo je vous suggère de regarder cette vidéo : ua-cam.com/video/o2DmpaeR1fQ/v-deo.html
Et pour mieux comprendre la notion de distance génétique vous pouvez consulter le premier épisode de la chaine : ua-cam.com/video/1YK3i4EgSAU/v-deo.html
Sommaire de la vidéo :
00:00 - Introduction
01:08 - Rappels sur les distances
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03:03 - Le critère du « Minimum d’Évolution »
03:49 - Initialisation de l’algorithme NJ
05:40 - Phase de regroupement de l’algorithme NJ
07:04 - Phase de réduction de l’algorithme NJ
08:04 - Résolution de l’arbre
10:12 - Améliorations de l’algorithme
10:49 - Conclusion
Références :
Pardi, F. (2022). Inférence phylogénétique : méthodes basées sur les distances. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, 151-176.
Van Noorden, R., Maher, B., & Nuzzo, R. (2014). The top 100 papers. Nature News, 514(7524), 550.
Mihaescu, R., Levy, D., & Pachter, L. (2009). Why neighbor-joining works. Algorithmica, 54, 1-24.
Gascuel, O., & Steel, M. (2006). Neighbor-joining revealed. Molecular biology and evolution, 23(11), 1997-2000.
Gascuel, O. (1994). A note on Sattath and Tversky's, Saitou and Nei's, and Studier and Keppler's algorithms for inferring phylogenies from evolutionary distances. Molecular Biology and Evolution, 11(6), 961-963.
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#matrice #génétique #évoluscope #evoluscope #évolution #evolution #phylogénétique #bioinformatique #bioinformatics #vulgarisationscientifique #clustering #mathématiques
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Відео
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#phylogénie #matrice #génétique Cette vidéo explore une question cruciale en phylogénie : comment calculer la longueur d’un arbre évolutif donné à partir des distances génétiques entre espèces. À travers des exemples clairs et progressifs, nous découvrons les bases géométriques intuitives de ce calcul, et nous terminons par la formule élégante de Yves Pauplin qui simplifie cette tâche. Merci à ...
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#écologie #biogeography #clustering Vous aimez l'écologie et la biodiversité ? Dans cette vidéo, je vous explique comment les écologues cartographient la diversité de la vie sur Terre. 🌍 Je me base sur l'article de Kreft et Jetz (2010) pour vous montrer comment l'utilisation de méthodes quantitatives modernes et les données de distribution des mammifères à l'échelle mondiale ont permis de propo...
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Saviez-vous que la similarité génétique entre nous et les chimpanzés est souvent estimée à 99 % ? Mais qu'est-ce que cela signifie vraiment ? Dans cette vidéo, nous démystifions cette affirmation en examinant les manières de compter les différences génétiques. Découvrez la génomique comparative. Vous allez comprendre pourquoi même un petit pourcentage de différences peut avoir un impact immense...
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[BONUS] Comment Simuler l’Évolution de l’ADN en Python
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Dans cette vidéo bonus je vous montre comment simuler l'évolution d'une séquence d'ADN en utilisant le modèle de Jukes-Cantor avec le langage de programmation Python. Je vous comment définir des fonctions pour substituer des nucléotides et calculer la p-distance entre deux séquences. La simulation demande à l'utilisateur le nombre de séquences, leur longueur et le nombre de mutations successive...
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[BONUS] Démonstration de la Relation de Jukes-Cantor
Переглядів 878 місяців тому
Dans cette vidéo bonus je vous explique en détails comment fonctionne le modèle de Jukes-Cantor et comment on peut l'utiliser pour estimer la distance génétique entre deux séquences d'ADN. La démonstration mathématique inclut les raisonnements permettant de calculer la variation de la p-distance sur une durée infinitésimale, puis la résolution d'une équation différentielle linéaire pour relier ...
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Les Groupes Emboités au Collège (SVT)
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Construire un Arbre Moléculaire avec PhyloGraphe #Tuto2
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C'est clair, super pour mon exam demain !
Bonne chance ! 🤞
Merci beaucoup !
Avec plaisir ! :)
J’ai une question ? Pourquoi faire ?
Pourquoi quoi ?
sauf qu en genetique c est un "peu" plus complexe et que la nature utilise parfois plusieurs voies pour arriver au meme resultat d ou les changements frequents d arbre phylogenetique
Non, tu t'es foiré dans l'énoncé. 1) Alice met 50 minutes pour aller chez bob en passant par le puit. 2) 30 minutes pour aller chez Charlie. 3) et Bob et Charlie sont à 60 minutes l'un de l'autre. 30 et 60 minutes se font d'après l'énoncé sans passer par le puit.
Regarde le schéma il n’y a pas d’autres chemins que celui qui passe par le puits !
@daubert4892 Je ne vais pas expliquer deux fois la même chose.
a p + p b = 50 a c = 30 cb = 60 Je ne sais pas.
C'est dommage que ça soit l'éponge la plus loin du puits :)
j'aime beaucoup vos vidéos, elles sont très claires, merci beaucoup !! ce serait possible une vidéo similaire sur le global et local alignment, et sur le neighbor joining algorithm, et le tracé des arbres philogénétiques..? j'ai bientôt un examen sur ça en janvier et ça me sauverait la vie
La vidéo sur le Neighbor-Joining arrive bientôt ! Je compte aussi aborder l’alignement des séquences un jour, mais ce sera pour un peu plus tard malheureusement. Bon courage pour vos examens !
@@Evoluscope super ! merci !
bonjour pourriez vous faire une video longue sur le sujet
Oui c’est une bonne idée ! 👍
Bonjour, Qu'est-ce qu'une séquence binaire ?
C’est une séquence composée uniquement de 0 et de 1. C’est un codage de l’information qui permet par exemple de représenter l’absence ou la présence d’un caractère, à l’échelle moléculaire comme à l’échelle macroscopique.
Parfait!! Bon maintenant. Comment évalue t'on le gamma ? Quel critère de temporalité est retenu ? Comment y intègre t'on les sauts ou accidents ? Que se passe t'il si les flux génétiques se recroisent ? Ou si un flux extérieur (genre retro-virus) s'intègre ? Uh...
Tout cela se modélise mais c'est un niveau trop avancé pour que je puisse le détailler sur cette chaine de vulgarisation. Mais pour vous répondre rapidement, oui il existe des méthodes statistiques pour estimer le paramètre alpha de la distribution gamma pour les taux de mutation hétérogènes le long des séquences, voir par exemple : pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7659011/ Les accélérations et ralentissements de l'évolution n'ont aucune importance dans ce type de modèle puisque le paramètre estimé est lambda*t et non lambda seul ou t seul. Vous avez aussi raison de souligner qu'un arbre des gènes n'est pas un arbre des espèces (hybridations, ILS, apports viraux, etc.) mais on peut modéliser l'arbre des espèces correspondant à un ensemble d'arbres de gènes non concaténés. Voir par exemple la gamme des méthodes ASTRAL : bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2129-y
Ne serait ce pas un tout petit peu le reflet de la tectonique des plaques depuis 50 millions d'années ? Isolant, par exemple les faunes/flores délirantes de l'Oceanie (sud ligne wallace) et Madagascar ?
Si, tout à fait. La structuration des régions biogéographiques a été très influencée par la tectonique des plaques. L'isolement des faunes et des flores sur le long terme augmente inévitablement l'endémisme d'une région.
Merci ! Je n'ai pas compris énormément de choses 😅 Mais tres intéressant ! Je me suis posé la question du pourcentage de gêne, quand j'ai appris qu'on avait 3% de gènes de neanderthal !... J'ai buggé avec le fait qu'on avait 98% de genes en commun avec les chimpanzés ! 😅🤪 Je me doutais bien qu'il y avait un soucis 😅
Je vois d’où vient la confusion. Si on parle uniquement des substitutions sur l’ensemble du génome l’ADN des Néandertaliens est similaire à 99,7 % au nôtre, contre les 98,8 % de similarité du chimpanzé. Ces 3 % de gènes qui nous viennent des Néandertaliens ont en réalité bien souvent remplacé dans notre génome des séquences qui leur étaient extrêmement semblables. Ces pourcentages ne sont donc pas du tout comparables.
@@Evoluscope ha voilà ! MERCI !
Merci pour la synthèse de ces recherches.
Si vous avez déjà utilisé une méthode de classification automatisée dans un de vos projets, partagez votre expérience en commentaires ! On est curieux de savoir ce que vous avez classé et ce que votre classification vous a permis de découvrir.
Si, après avoir visionné cette vidéo, vous pensez avoir compris l'UPGMA, alors je vous mets au défi d'appliquer cet algorithme à la matrice de dissimilarités suivante pour classer les objets A à E. Attention à ne pas confondre avec WPGMA ! x|A|B|C|D|E A|0|6|7|5|8 B|-|0|1|7|4 C|-|-|0|6|2 D|-|-|-|0|8 E|-|-|-|-|0 Vous pensez avoir trouvé ? La réponse dans la prochaine vidéo !
Merci pour ce petit rappel de génétique! Etant étudiant en paléoanthropologie, cela m'a fait du bien de réviser des notions de génomique (je n'ai pas eu beaucoup de cours dessus durant la licence car je n'avais pas choisie le parcours qui comporte cette UE) qui me sont encore perfectibles😅. Très drôle l'image d'Yves Coppens à 12 min 55!😂
Je suis content que vous ayez apprécié ! 😊 Bravo pour avoir remarqué Yves Coppens 😉
Faux!
J'adore vos vidéos je viens de découvrir la chaîne j'espère que vous allez continuer
Bien sûr que je vais continuer ! Rendez-vous après la pause estivale 😉
Sur ma chaine je te parlerai principalement des sciences de l'évolution et de la phylogénétique en particulier. J'y aborde autant les aspects biologiques que les méthodes bioinformatiques essentielles dans l'étude de ce domaine fascinant !
La différence majeure concerne le cerveau, le cerveau humain contenant tout ce qui nous sert à penser, le chimpanzé étant dépourvu de notre équivalent qui pense et raisonne. Non pas que le chimpanzé soit moins intelligent que l'humain, mais que la pensée lui soit totalement inutile, son cerveau ne dysfonctionnant pas, contrairement au cerveau d'origine de l'humain, d'où pour lui une potentielle utilité de la pensée, autrement dit nous.
😂😂
Explications claires et sujet très interessant. J’ai tout compris. Merci Damien.
Merci beaucoup, ravi que mon travail soit apprécié ! :)
Superbe vidéo, excellente description, voix incroyable !!
Vraiment un beau travail! Explications super claires et tout est bien détaillé! Merci !!
Merci pour tout ce taf !
Explications claires et rigoureuses. Merci pour ce travail exceptionnel !