Mini-curso: Bibliometria na prática com R e Bibliometrix (Clayton Martins Pereira)
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- Опубліковано 5 вер 2024
- Mini-curso: Bibliometria na prática com R e Bibliometrix
Dia e horário: 8/12/22, das 13:30 às 16:30
Palestrante: Clayton Martins Pereira (INPE)
Veja material adicional em www.dropbox.co...
Para citar este vídeo use o formato
Pereira, Clayton Martins. "Bibliometria na prática com R e Bibliometrix" UA-cam, disponibilizado no canal PGCAPINPE em 8 de dezembro de 2022, • Mini-curso: Bibliometr...
Resumo: Neste minicurso de 3h/a será mostrado, de maneira prática, como efetuar buscas e coletar os resultados em duas das principais bases de dados bibliográficos multidisciplinares, Web of Science e Scopus. Em seguida os dados coletados serão unificados, normalizados e sumarizados por meio de script elaborado com o pacote Bibliometrix na suíte R Studio. Por fim, será apresentada a ferramenta biblioshiny para visualização dos dados na forma de diferentes tipos de análises bibliométricas.
PÚBLICO-ALVO: Pós-graduandos que estejam nas fases de definição/delimitação de tema de pesquisa ou de revisão de literatura.
Mini CV: Doutorando em Ciência da Informação na Universidade Estadual Paulista (UNESP), Mestre em Informática pelo Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA) e Servidor de carreira (Analista em C&T) da Divisão de Biblioteca do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE). Atualmente é responsável pela administração da plataforma de repositório institucional (Biblioteca Digital) e pela apuração de indicadores da produção científica do Instituto.
Muito obrigado pela aula gratuita, qualidade, generosidade e solidariedade para compartilhar este conhecimento. Em minha instituição pública federal é só um grupinho íntimo da gestão que têm acesso à estas ferramentas para fazer pesquisa. Apesar de aprenderem com a ajuda de profissionais como o Clayton Martins Pereira eles não compartilham o conhecimento com os outros colegas. Porque eles pensam que isso fará aumentar a concorrência na disputa pelos recursos públicos de fomento à pesquisa (bolsas de estudos em pós-graduação, bolsas para publicações, bolsas para tradução e bolsas de incentivo à participação em eventos internacionais). Este trabalho fura esta bolha maldita de pesquisadores mesquinhos, inúteis, bajuladores e que se acham iluminados.
Gente, que aula incrível! Muito muito obrigada pela generosidade de compartilhar esse conhecimento! Obrigada! 🙏
Muito obrigada por esse minicurso, está ajudando muito no meu doutorado!
Pessoal, todas as vezes que deu erro ao rodar meus dados, ao passar uma lupa nos comandos, percebi os erros. Muitos simples, outros mais complexos, mas eram sempre erros nos comandos. No final, tudo rodou perfeitamente e até com mais facilidade que no vídeo. Abraço forte e sucesso!
Meus parabéns Clayton Martins Pereira!
Sou um novo mestrando e estava com muitas dúvidas sobre esse tema, sua aula clareou minha mente e já me abriu muito a visão de como iniciar minhas pesquisas.
Ótima didática, Muito obrigado!
Muito obrigada pelas informações, só uma observação, a gente pode sim fazer isso com arquivos bibtex. A conversão do arquivo é para ver os resultados em bibioshiny. Ela é bem completa.
Clayton Martins muita gratidão por compartilhar seu conhecimento aqui.👋👋👋👋
Ótima aula, obrigado pelo conteúdo gratuito de qualidade
Mini-curso incrível, sem duvidas são ferramentas indispensáveis para revisões de literatura, com certeza iriei utilizar na minha pesquisa de mestrado!
Nós que agradecemos!
Baita aula... parabéns!!!
Obrigado, Prof. Clayton, boas dicas, curso fácil de treinar e excelente troca! Todos os comandos conseguir executar, mesmo do Mac. Agora não consegui fazer pelo "R", acabei baixando o "RStudio" e tudo deu certo. Mais uma vez, obrigado!
Não conhecia essas ferramentas de suporte ao pesquisador. Muito bacana! Obrigado pelo curso.
Disponha! Não deixe de ver o material online indicado na descrição do vídeo.
Parabéns, Clayton! O minicurso foi muito proveitoso.
Obrigado 😃
Parabéns a todos e ao Prof.Dr. Clayton - Excelente aula. Minha Gratidão
Obrigado por compartilhar esse conteúdo!
Obrigada demais pela aula!! Ajudou muito aqui 🥳🥳🥳
Excelente mini-curso! Parabéns pela iniciativa de deixá-lo público!
No entanto, tive o mesmo problema que algumas pessoas aqui: ao tentar inserir a planilha no biblioshiny dava o seguinte erro "Error: 'row.names' duplicados não são permitidos". Não consegui resolver pela solução proposta pelo @PGCAPINPE , são exemplos de solução em .csv, apliquei nos arquivos .csv e mesmo assim não resolveu. Tentei fazer o mesmo procedimento, porém com a biblioteca xlsx, inserindo colum.names = false para os arquivos .xlsx: não funcionou também. Pelo que eu pesquisei, este erro é comum nas exportações da plataforma Scopus. Com os arquivos exportados do Web of Science não dá nenhum erro. Foi assim que consegui utilizar a biblioteca.
Muito legal!
Muito bom.
Olá Clayton, sugiro que vc conheça o rmarkdown e o quarto markdown, facilita a vida de quem faz pesquisa, inclusive a bibliometrica. Obrigado pelo workshop!
Vai ser usado na próxima versão do curso!
maravilhoso!
Obrigado por compartilhar esse conteúdo, me ajudou. Parabéns!!!
Excelente conteúdo, parabéns a todos.
Alguém sabe indicar alguma software semelhante que faça esse tipo de analise com dados de revista NÃO indexados no Wof ou Scopus ?
Ótima aula, parabéns!
Muito bom, parabéns. Estou com um problema aqui, quando eu faço o procedimento e coloco o local da pasta, ele diz “....does not exist" como se a pasta não existisse, ou seja, não identifica o local colocado, não consigo onter o resultado 😢
Francisco, pode enviar mais detalhes? Em que ponto do procedimento você encontrou o problema, qual é a mensagem de erro completa?
@@PGCAPINPEdepois de indicar as pastas dos arquivos da scopus e wos, e colocar pra rodar na setinha verde o script. Ele não identifica as pastas, diz que não existem.
A mensagem 👇🏼
Converting your scopus collection into a bibliographic dataframe
Erro: 'C:/Users/rodri/OneDrive/Área de Trabalho/Revisão/scopus.csv' does not exist.
Verifique se o arquivo realmente existe. Você pode adicionar a linha file.info("C:/Users/rodri/OneDrive/Área de Trabalho/Revisão/scopus.csv") antes da "s
@@PGCAPINPE vou verificar, obrigado 🫂
Oie! Consegui fazer para 4 bases de dados diferentes (pubmed, wos, scopus e dimensios) e no total ficaram 237 documentos. Quando eu fiz o passo de biblioanalysis, ele fica assim (large bibliometrix - 26 elements, 680.7kb) e depois disso eu nao consigo fazer o plot, mostra esse erro (Error in grid.Call.graphics(C_setviewport, vp, TRUE) :
non-finite location and/or size for viewport
In addition: Warning messages:
1: Removed 1 rows containing non-finite values (`stat_align()`).
2: Removed 1 row containing missing values (`geom_line()`).
3: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf
4: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf). No caso, eu estou pensando em voltar nas bases de dados e fechar mais a seleção dos artigos. Vocês teriam mais uma ideia do que eu posso fazer para corrigir? Eu sou da área de saúde, por isso não entendo muito dessa linguagem.
Marianne, R tem seus truques e pegadinhas. Por ser uma linguagem de análise de dados muitos dos erros que aparecem não são de programação e sim de dados em formato/tipo/quantidade inadequados para o código ou até por causa de outros fatores que complicam a reprodução. Veja algumas dicas em stackoverflow.com/questions/66774793/ggplot-not-working-error-error-in-grid-call-graphicsc-setviewport-vp-true ou stackoverflow.com/questions/55855545/how-can-i-solve-non-finite-location-and-or-size-for-viewport-error -- tudo indica que no arquivo resultante existem argumentos numéricos com valores infinitos.
Você pode usar a função any(is.na(x) | is.infinite(x)) (onde x é o nome do seu conjunto) para ver se existem valores que complicam o processamento posterior ou plotagem.
Boa noite! Junto os arquivos no R e na hora que o Bibliometrix vai ler o arquivo em “xlrs” aparece um erro dizendo que “row.names duplicados não são permitidos”, sendo que fiz todo o passo a passo. Não sei Oq fazer, tem como me ajudar por algum número ou e-mail? Desde já grato!
Diogo, veja problema semelhante (e solução) em stackoverflow.com/questions/8854046/duplicate-row-names-are-not-allowed-error. Basicamente tem vírgulas sobrando, pode ser problema nos campos exportados. Outros exemplos e soluções em statisticsglobe.com/r-error-in-read-table-duplicate-row-names-not-allowed e www.statology.org/r-duplicate-row-names-not-allowed/.
Eu tive o mesmo problema. Não consegui resolver pela solução proposta pelo @PGCAPINPE , são exemplos de solução em .csv, apliquei nos arquivos .csv e mesmo assim não resolveu. Tentei fazer o mesmo procedimento, porém com a biblioteca xlsx, inserindo colum.names = false para os arquivos .xlsx: não funcionou também. Pelo que eu pesquisei, este erro é comum nas exportações da plataforma Scopus. Com os arquivos exportados do Web of Science não dá nenhum erro. Foi assim que consegui utilizar a biblioteca.
Olá! Muito obrigado pela aula! Consegui fazer minha pesquisa, mas agora surgiu uma dúvida. Na citação, devo citar você ou devo citar alguém das referências que você nos passou?
Obrigado pelo interesse!
Para citar este vídeo use o formato
Pereira, Clayton Martins. "Bibliometria na prática com R e Bibliometrix" UA-cam, disponibilizado no canal PGCAPINPE em 8 de dezembro de 2022, ua-cam.com/video/2XKsq_y9z_M/v-deo.html
Que mini-curso incrível. Super prático e direto. Estava tento dificuldades com outros scripts para bibliometrix. Este ficou muito bem explicado. Porém estou com um problema com o biblioshiny. Quando faço a importação do arquivo .xlsx apareceu a seguinte mensagem:
Error: 'row.names' duplicados não são permitidos
Segui todos os passos descritos no material.
Como resolver esse erro?
Obrigado!
Oi Gbouez. Alguns dos erros mais esquisitos acontecem quando o arquivo está com formatação inesperada ou incorreta. Verifique se é mesmo um XLSX, e se existem vírgulas extras nas linhas (fora a do cabeçalho). Pode acontecer também se existem vírgulas nos campos do XLSX (novamente por causa da formatação incorreta).
Em caso de dúvida rode todo o script de uma vez para ver se o erro persiste.
@@PGCAPINPE Entendi!! Já tava feliz achando que tinha rodado e dá esse erro! Vou verificar esses detalhes. O arquivo está em .xlsx mesmo. Vou verificar a questão das vírgulas.....talvez a conversão de .cvs para .xlsx pode ter dado algum problema.
Olá, estou com o mesmo erro!😢 conseguiu resolver??
@@dudaoliveira789 qual é a mensagem de erro?
@@dudaoliveira789 veja problema semelhante (e solução) em stackoverflow.com/questions/8854046/duplicate-row-names-are-not-allowed-error. Basicamente tem vírgulas sobrando, pode ser problema nos campos exportados. Outros exemplos e soluções em statisticsglobe.com/r-error-in-read-table-duplicate-row-names-not-allowed e www.statology.org/r-duplicate-row-names-not-allowed/.
Olá Clayton Martins Pereira, tudo bem?
Me chamo Guilherme e sou aluno de Ciências Biológicas pela Universidade Estadual do Ceará, Brasil.
Estou te contactando, pois eu não estou conseguindo exportar meus documentos do Google Acadêmico para o R.
Eu consegui exportar do Google Acadêmico, mas não sei como passar para meu computador.
Meu objetivo é usar esses documentos para remover duplicatas de outros arquivos que baixei em outras bases de dados como Scopus e WOS, para uma posterior análise cienciométrica.
Pois então, como faço para exportar meus documentos do Google Acadêmico para o R a fim de remover duplicatas junto com outras bases de dados? Poderia me enviar o script?
Guilherme, boa noite. O material não cobre ainda procedimentos com o Google Scholar. Mas se puder descrever melhor o que é "exportar do Google Acadêmico, mas não sei como passar para meu computador" -- deveria ser simples como salvar um arquivo!
Parabéns pelo vídeo, de fácil entendimento e de grande ajuda para pesquisadores novatos!! Só gostaria de perguntar qual seria o melhor formato para realizar a exportação se utilizar a plataforma do Google Acadêmico? Se conseguir esclarecer agradeceria muito.
Oi @marialeticia4478, obrigado pelo interesse no programa. Ainda não temos uma versão nem código que use os dados do Google Scholar, quando tivermos anunciaremos aqui!
Consegui rodar o código a medida que fazia com a aula, mas fui tentar pela segunda vez e deu o seguinte erro: Error in convert2df("C:/Users/luhmb/OneDrive/Área de Trabalho/RB/scopus.csv", :
não foi possível encontrar a função "convert2df"
o que será?
Verifique se o arquivo realmente existe. Você pode adicionar a linha file.info("'C:/Users/luhmb/OneDrive/Área de Trabalho/RB/scopus.csv'") (sem as aspas) antes da "s
Aula incrível!! Me ajudou demais com o meu mestrado!! Não estou conseguindo subir no script o arquivo do documento Scopus csv, fala que não encontra o objeto S. Tenho MacBook, o caminho que aparece pra mim não sei se está certo. Pode me ajudar por gentileza?
Existem erros chatinhos em algumas bibliotecas do R, o que parece ser o caso. Por favor tente atualizar os pacotes do R (estou assumindo que está usando o RStudio), depois rodar todos os comandos de uma vez (e não um a um como mostrado). Em geral isto resolve.
Olá. Quando rodo o biblioshiny para ler o arquivo, dá esse erro: "ERROR: 'row.names' com valores faltantes não são permitidos". Como posso resolver?
@cicerovicente7720 veja problema semelhante (e solução) em stackoverflow.com/questions/8854046/duplicate-row-names-are-not-allowed-error. Basicamente tem vírgulas sobrando, pode ser problema nos campos exportados. Outros exemplos e soluções em statisticsglobe.com/r-error-in-read-table-duplicate-row-names-not-allowed e www.statology.org/r-duplicate-row-names-not-allowed/.
Também pode acontecer com arquivos gerados como planilhas XLSX mas que são na verdade outro formato.
Tive problemas com o plot não consegui visualizar os gráficos, alguma recomendação?
Se estiver usando o RStudio ele pode ter escondido as janelas dos gráficos. View -> Panes -> Show all panes deve resolver. Se não, mande mais detalhes!
Boa noite. Não conseguir fazer a análise com o plot. Deu erro o tempo todo.
Alberto, por favor compartilhe as mensagens de erro.
Muito bom o curso, parabéns. Quando tento exportar para o biblioshiny dá esse erro: Error in h: erro na avaliação do argumento 'x' na seleção do método para a função 'which': 'objeto 'M' não encontrado'. Como arrumar?
Esse é um erro complicado, mesmo procurando por mensagens semelhantes não vemos soluções claras. O ideal seria verificar se os pacotes estão atualizados, reiniciar o R/Rstudio e rodar o script desde o inicio.
Uma outra possibilidade é um erro de leitura, verifique os cabeçalhos do arquivo sendo lido para ver se os nomes dos campos não tem vírgulas.
Olá, estou com uma dúvida. Eu utilizo o macOS e não consigo colocar o caminho corretamente, teria alguma orientação?
Marianne, eu mesmo rodei no meu Macbook. Qual foi o erro? Pode dizer até que passo conseguiu?
@@PGCAPINPE Oi, estou na parte que coloca o caminho do arquivo. Não consegui colocar o caminho corretamente, o meu ficou s
O caminho parece OK. O arquivo /Users/mariannesabino/bibliometria/scopus.csv existe? Verifique no Finder.
@@PGCAPINPE oie, fui sim no finder e vai para essa pasta. No windows, o caminho começa com C:/, será que falta algo no caminho do Mac?
@@PGCAPINPE quando eu coloco "RUN", nada acontece...
Eu não conseguiria utilizar a plataforma Scielo nessa análise não? Estou com problemas em acessar o periódicos da capes
Whelley, não saberia dizer -- depende se a Scielo deixa baixar os dados no formato que o Bibliometrix espera.
Eu tenho uma dúvida, quando coloco o código para rodar os dados exportados do Web Of Science, aparece uma mensagem de Erro dizendo que o argumento "times" não está correto. O que posso fazer para solucionar esse problema e conseguir unir os dados com os exportados do Scopus?
Gabriela, pode mandar a exata mensagem de erro?
@@PGCAPINPE w
@@GabrielaFonseca-cn5fg Existem erros chatinhos em algumas bibliotecas do R, o que parece ser o caso. Por favor tente atualizar os pacotes do R (estou assumindo que está usando o RStudio), depois rodar todos os comandos de uma vez (e não um a um como mostrado). Se for problema nas bibliotecas deve resolver, senão pode ser algum problema no formato do arquivo (por exemplo, uma quebra de linha inesperada).
@@PGCAPINPE Muito obrigada, vou tentar fazer isso.
Olá, como obter apresentação da palestra pois identifiquei nela muitas referências de comandos importantes?
Veja em www.dropbox.com/scl/fo/1985aa0lxm61vp6sbgqr3/h?rlkey=ixtlbvtl5yw18bhhavt7j82vt&dl=0
Alguém poderia me dar uma ajuda? Fui seguindo o passo a passo do video, porém utilizei 3 bases: o scopus, o WoS e o Google Academico, porém quando chego na parte do convert2df, me da um erro quando aplico para a o Google academico, pois eu não sei qual a dbsource que se utiliza para esta plataforma, alguém sabe me dizer qual seria? Obrigado
Elvis, seria preciso ver se o formato do Google Acadêmico é compatível. Avise se tiver como mostrar ao menos as 10 primeiras linhas do que o Google Acadêmico cria.
Oi...estou tentando rodar a clusterização mas aparece a mensagem: "Assigned data `group` must be compatible with existing data.
[31mx[39m Existing data has 251 rows.
[31mx[39m Assigned data has 250 rows.
[34mi[39m Only vectors of size 1 are recycled."
Tem ideia do porblema?
Oi Arlete. Durante o treinamento vimos alguns problemas parecidos, geralmente resolvidos rodando todo o script de novo (desde o inicio, não somente uma linha). Se não funcionar mande o arquivo e mensagem completa de erro.
Logo no primeiro comando (convertdf2) aparece para mim um erro de objeto M não encontrado. Ou que "j" nak existe. Ou que YP não existe. Já tentei de tudo. Achei q o problema estivesse nos nomes das colunas, q não estavam nas tags do pacote. Renomeei tudo, e o erro continua. Alguém poderia me ajudar?
@carolblefari1 precisaria de mais informações. Qual é a mensagem, e o trecho de código exato?
@@PGCAPINPE
library(bibliometrix)
library(readxl)
dados
@carolblefari1 Procurei informações sobre este erro e as que achei são antigas: o objeto M é definido internamente no bibliometrix, o usuário não deveria se preocupar com ele (a não ser que já tenha um objeto "M" na memória!)
Sugiro verificar as versões do R e dos pacotes e ver se ele espera a planilha no formato XLS ou XLSX -- existe uma grande diferença!
Olá como obter a apresentação?
Veja em www.dropbox.com/scl/fo/1985aa0lxm61vp6sbgqr3/h?rlkey=ixtlbvtl5yw18bhhavt7j82vt&dl=0
Olá , no meu não aparece o comando convert2df
João Victor, verifique os passos da instalação. Informe também seu sistema operacional.
Problema resolvido, porém apareceu outro problema quando fui plotar os gráficos! Diz que as margens das figuras são muito grandes. Já ampliei o tamanho do painel de plotagem mas também não deu certo!
Se o erro for "Error in plot.new() : figure margins too large" é porque a figura é grande demais para o painel. A solução recomendada no RStudio é aumentar o tamanho do painel, mas se não der o jeito é ter mais trabalho -- montar um notebook em R Markdown com todo o código separado em blocos, assim a figura deve ser plotada em um arquivo, o que é ainda melhor. Veja uma introdução simples em rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/522446_c83697519be64011b3e87f407b475516.html#(1)
Error: 'C:/Users/PC/Desktop/teste-scopus.csv' does not exist. deu esse erro, nao ta achando
Verifique se o arquivo realmente existe. Você pode adicionar a linha file.info("'C:/Users/PC/Desktop/teste-scopus.csv'") (sem as aspas) antes da "s
Excelente!!