Excelente canal !! Una pregunta, cuánto afectan los resultados del docking el escoger entre los varios campos de fuerza, tipo mmff94, uff, gaff, etc ??
En mi experiencia, prácticamente no me ha dado resultados diferentes en el docking, yo utilizo autodock vina, los resultados son los mismos, como es flexible el docking la estructura va a cambiar de posición, es absurdo meter una optimización muy costosa para algo que va cambiar de conformación, esta es mi opinión, veamos que más comentan
saludos Juan C. en mi experiencia hacer docking con una molécula optimizada con un campo de fuerza u otro de mecánica molecular no habria mucho cambio en tus resultados si se trata de un docking flexible, habria cambios si fuera un docking rigido ya que el punto de convergencia cambia entre los diferentes campos, pero si todos convergen en un mismo nivel energetico tendrias el mismo conformero para todos los campos que es muy probable, si utilizaras un método mas caro computacionalmente hablando, existirían cambios en el punto de convergencia, hacer docking con una molécula que le tomo días optimizar es poco productivo, esos métodos de optimización son mas útiles al predecir reactividad, estados de transicion en una reaccion, no le veo utilidad optimizar con métodos de mecánica cuántica una molécula que sera optimizada en el experimento docking, por cierto disculpa que apenas conteste entre semana se me dificulta, exito en tus trabajos, invita a tus amigos y sigue al pendiente del canal
Is this DFT study or not????
Excelente canal !! Una pregunta, cuánto afectan los resultados del docking el escoger entre los varios campos de fuerza, tipo mmff94, uff, gaff, etc ??
En mi experiencia, prácticamente no me ha dado resultados diferentes en el docking, yo utilizo autodock vina, los resultados son los mismos, como es flexible el docking la estructura va a cambiar de posición, es absurdo meter una optimización muy costosa para algo que va cambiar de conformación, esta es mi opinión, veamos que más comentan
saludos Juan C. en mi experiencia hacer docking con una molécula optimizada con un campo de fuerza u otro de mecánica molecular no habria mucho cambio en tus resultados si se trata de un docking flexible, habria cambios si fuera un docking rigido ya que el punto de convergencia cambia entre los diferentes campos, pero si todos convergen en un mismo nivel energetico tendrias el mismo conformero para todos los campos que es muy probable, si utilizaras un método mas caro computacionalmente hablando, existirían cambios en el punto de convergencia, hacer docking con una molécula que le tomo días optimizar es poco productivo, esos métodos de optimización son mas útiles al predecir reactividad, estados de transicion en una reaccion, no le veo utilidad optimizar con métodos de mecánica cuántica una molécula que sera optimizada en el experimento docking, por cierto disculpa que apenas conteste entre semana se me dificulta, exito en tus trabajos, invita a tus amigos y sigue al pendiente del canal
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Pues nunca llegará a tantas vistas. Solo BTS De todas formas gracias
yo creo que si llegara va creciendo muy rapido, espero verte en el directo
Si llega a las 1000 vistas tu puedes química chida, cuando menos te des cuenta tendrás más que Luisito comunica