Przyrównania sekwencji molekularnych i obliczanie drzew filogenetycznych
Вставка
- Опубліковано 8 лют 2025
- Zapoznanie się z treścią poradnika filmowego umożliwi stworzenie przyrównania sekwencji molekularnych dostępnych w bazach danych oraz obliczenie i narysowanie drzewa filogenetycznego z wykorzystaniem bezpłatnych programów komputerowych:
ClustalX - www.clustal.org...
PAUP - paup.phylosolut...
FigTree - tree.bio.ed.ac....
Dzień dobry, jaką opcję ukorzeniania drzewa wybrać, przy konstrukcji drzewa metodą maksymalnej parsymonii (midpoint/outgroup)? Czy ewentualnie da się zrobić tak, by drzewa (wszystkie możliwe wraz z obliczona długością) pozostały nieukorzenione?
Czy określając pokrewieństwo taksonów, np. generując metodą UPGMA drzewo w PAUP4 na podstawie przyrównania sekwencji genów konserwatywnych, np. genu kodującego histon H1.0 lub tym podobne, w opcjach w zakładce "missing/ambiguous" wskazane jest pozostawienie jako zaznaczonej opcji "distribute proportionally to unambiguous changes"?
To jest trudne pytanie, a dobra odpowiedź brzmi "to zależy". Opcją zawsze bezpieczną jest wybrać "Ingnore sites for affected pairwise comparisons", co po prostu usuwa z przyrównania wszelkie kolumny z brakującymi danymi. Druga opcja "Distribute proportionally to unambiguous changes" ma sens w przypadkach, kiedy danych brakuje niewiele, tzn. nie chcemy tracić informacji zawartych w całej kolumnie, jeżeli tylko kilka taksonów ma tam wstawioną przerwę. Wtedy algorytm dokonuje pewnego uśrednienia. Załóżmy, że 80% sekwencji ma A, a 20% T w danej pozycji przyrównania. Odległość każdej z nich do nowej sekwencji z brakującą pozycją (przerwą) jest obliczana na zasadzie średniej ważonej, tzn. tak jakby w tym miejscu na 80% było A, a na 20% T. To oczywiście zaburza obliczoną odległość do tej sekwencji (to tylko uśredniony szacunek), ale ratuje informację zawartą w całej kolumnie przyrównania.
Bardzo dziękuję za informacje.
Program ClustalX jest niezgodny z 64 bitowymi wersjami systemu MacOs (od Catalina do najnowszego Big Sur). Czym można ten program zastąpić?
Można zastąpić programem ClustalO (www.clustal.org/omega/). Jeśli jest konieczny interfejs graficzny (GUI), można użyć programu AliView (ormbunkar.se/aliview/). Rozwiązanie sprawdziłem na macOS Big Sur.
@@takaoishikawa4273 Dziękuję serdecznie za pomoc, znalazłem już alternatywne rozwiązanie w postaci korzystania z maszyny wirtualnej z odpalonym na niej windowsem 10, bo podobne problemy wystąpiły też z paupem i figtree, więc jeśli ktoś miałby analogiczny problem to polecam ten sposób :)
Przepraszam jeśli pytanie jest głupie ale czy to normalne, że w drzewie w programie PAUP4 są ucięte nazwy organizmów ( były one bardzo długie, bo to zadanie z 48OB) ? Wyświetla się tylko nazwa łacińska, a część polskiej jest właśnie ucięta a powiększanie okna nic nie daje. Jeśli wczytam to drzewo później w FigTree to wszystko się normalnie wyświetla.
Konsola PAUP lubi uprościć formę graficzną drzewa. To jest tylko rysunek pomocniczy. Do przeglądania drzew faktycznie wygodnie używać jest FigTree.