Forward and reverse, sense and antisense primers
Вставка
- Опубліковано 19 сер 2024
- let's take a gene. It's always written from 5' to 3'
there is also a complementary sequence, because DNA is double stranded.
if you wout to do a PCR, you need to enhance both strands, so you need a primer for one strand, called the forward primer, which is the beginning of your gene, and an other primer that will begin the complementary strand (in the 5' end), it's called the reverse primer.
You can call them also sense and antisense. It is the result of antiparallel arrangement of the DNA and important for the sequence-reading preferences of enzymes.
Watch my new video: How to design Forward and Reverse Primers ua-cam.com/video/ObKlSI16cOk/v-deo.html
it is nice to see that internet people are able to write positive comments, lots of positive energy
Watch my new video: Did you know about The Jewish Autonomous Region, situated in the Russian Far East? ua-cam.com/users/shortsQ3WC9wjBemU
thank you very much. I had been confused by these concepts but no longer. :)
Thank you, i'm doing a bioinformatics lab so it's really helpful
Glad it was helpful!
Thankyou, it really helped me
Glad it helped
So helpful, thank you!!!
Thank god. Color coding. SO helpful, thank you!
You're welcome! Thanks for watching.
thanks man! Very nice, it make sense.
Thanks for the information!
You are welcome! Thanks for watching.
Thank you for this! I know it's an old video but it's still helpful.
Glad it was helpful!
Thank you. It really helped me.
Glad it helped!
this was so helpful!
thank you! it really helps!
thanks Nikolay...
thank you very much, it's a great explanation but i have a question. how is it in case of qPCR? mRNA (which is template in RT-PCR) is like + strand, and it is template for cDNA ( - strand), then second strand cDNA is synetized and it is +. thus on first (-) cDNA strand we have FOR primer and on second (+) cDNA strand we have REV primer. is my thinking correct? i would by very geratful for answer.
Yes, you understand correctly. My congratulations.
Thank you for asking this question. You helped me with my pcr project.
thank you!
Watch my new video: Why Jews look so different? ua-cam.com/users/shortsI28WoDsoh7Q
thank you
Watch my new video: Why Jews look so different? ua-cam.com/users/shortsI28WoDsoh7Q
Thank you. Could you explain which one is 5" primer and which is 3" primer?
So in the next pcr cycles does the reverse primer remain as reverse for the other strand and forward remains as forward?
Yes.
Quite a full explanation but i have a question though. For example we need to amplify some gene on the sense dna strand that codes some protein we want to research. Then we use a PCR reaction to get the fragment we need. So the question - why do we use both forward and reverse primers doing PCR when we need only functional gene sequence? I mean that the reverse primer amplifies not what we need but (as i understand) only complementary to what we need. And may i ask to write in russian if You don't mind.
Ну смотрите, к примеру, у нас изначально одна молекула и у нас только один праймер Вот прошел первый цикл и мы получили с одной молекулы ее комплементарную копию в следующем цикле мы получим еще одну копию и т.д. - т.е. что бы получить миллиард копий нам нужно миллиард раз повторить этот цикл (т.е. не хватит всей жизни) - если же мы делаем копии обоих нитей ДНК в этом случае рост будет в геометрической прогрессии - удваиваться через каждый цикл - и через 20-30 циклов (т.е. через гдето час) мы будем иметь миллиарды нужных нам копий и миллиарды не нужных как вы говорите - их легко разделить если необходима только одна-цепочная молекула ДНК - одна копия будет "легкой" а другая тяжелой" так как А Т С G имеют разный молекулярный вес. Но в реальности, всем как обычно требуеся двух-цепочная ДНК.
Да, я сейчас подумал, тут ведь еще есть момент с тем, что если будет один праймер, то мы будем копировать только в одну сторону, в то время, как второй праймер (реверсный), как бы отсекает с другого конца необходимую нам часть ДНК, я правильно понимаю? Т.е. если у нас, к примеру, есть фрагмент 5' *ACTT* GCAATGCGGT *AATG* 3' и комплементарный ему 3' *TGAA* CGTTACGCCA *TTAC* 5', где жирным цветом выделены фланкирующие последовательности, а нам нужно амплифицировать фрагмент внутри них (первый, который GCAATGCGGT), то нам нужен праймер 5' TGAA 3', который будет идти по первой цепи к 3' концу и праймер 5' GTAA 3', который будет идти по второй цепи. Потом, на амплифицированный первым праймером фрагмент сядет второй праймер и ограничит синтез ДНК до нужного нам участка. Также, со второй цепью. Извиняюсь, что так развернуто - компактней не получалось.
Да так, но с одной поправкой - "а нам нужно амплифицироватьфрагмент внутри них" - праймеры будут тоже частью имплифицированной ДНК.
Как раз, об этом думал, просматривая Ваш ролик "How to design primers".
Кстати, еще вопрос возник. Вы выше писали, что, обычно нам нужна двухцепочечная ДНК. Возможно, тут мой пробел в знаниях, но я всегда считал, что если нам нужен конкретный фрагмент на смысловой цепи, мы его получаем посредством ПЦР, и в смеси у нас равные по длине одноцепочечные фрагменты двух комплементарных цепей. Или эти фрагменты "садятся" друг на друга по принципу комплементарности в результате остывания смеси?
Нет, конечный результат PCR будут двухцепочные ДНК, при снижении температры одноцепочная ДНК само организуюется в духцепочную ДНК, одноцепочными они могут быть только при температурах близких к 100 градусам.. Если мы хотим что бы ДНК оставались одноцепочными при комнатной температуре - то это можно достичь при помощи различных химических реактивов.
But I thought Template strand is 5'-3'
No, template 3'-5'
the template is 3'-5' cause the new strand is synthetized 5'->3'
Is there dna primer ? And the DNA and RNA with free end 3-oH what means ? Because if i have have free 3-oh then i dont need primer !
+Atheer Alaa No, you are mistaken. Each strand of DNA needs RNA primer. The is no such thing as leading and lagging strand. Each new growing strand is leading and lagging at the same time! Take a look at this picture www.birmingham.ac.uk/Images/College-MDS-only/cancer-sciences/research/gambus/3-bi-semi.jpg We only can say "leading strand" or "lagging strand" when we consider replication fork - but if you take a look at replication bubble you would see that EVERY new strand needs RNA primers because replication bubble grows in two directions and each new DNA stand is Leading and Lagging at the same time.
+Nikolay's Genetics Lessons what is a replication And transcription "bubble😅😅 ? Can u expain in simple way ?
+Nikolay's Genetics Lessons and how leadind and lagging strand mixed in one strand ?
+Atheer Alaa What is DNA Replication bubble and how it works? ua-cam.com/video/p9GwjV0mcI0/v-deo.html
+Nikolay's Genetics Lessons its means that the bubble begin from the center ! I think its gound only in bacteria ? Quesion 2 : the translation bubble also from center ! And the rna polymerase contribute to separate the dna ? I have mid term :)
God ! you speak so slow ! i had to watch this video with 2x speed !
other than that thanks for the information ..
Thus is one of my first videos uploded - now I made a good progress.
come on man