Иоанн Кронштадтский родился 19 октября 1829 года в селе Сура Пи́нежского уезда Архангельской губернии, был первенцем в бедной семье.
«За слабостью здоровья» был крещён в доме в день своего рождения и наречён в честь преподобного Иоанна Рыльского.
Дед по отцу - Михаил Никитич Сергиев, родился в 1779 году, священник Сурского прихода.
Другие предки в роду отца были священниками на протяжении по меньшей мере 350 лет.
По словам самого Иоанна, родитель его «умер рано, 48-и лет, в 1851 году».
По словам отца Иоанна, учась в духовной академии, он увидел себя во сне в священнических одеждах, служащим в соборе города Кронштадта.
Через несколько дней он получил предложение взять в жёны дочь настоятеля того самого собора и согласился. Детей у отца Иоанна не было; согласно его «Краткому житию» в официальном издании Московского патриархата, супруги «приняли на себя подвиг девства». Его супруга - Елизавета (1829-1909) - дочь протоиерея кронштадтского Андреевского собора Константина Несвицкого. Первое официально составленное (по благословению священноначалия Русской зарубежной церкви) «Житие» (1964) говорило, что «брак о. Иоанна был только фиктивный, нужный ему для прикрытия его самоотверженных пастырских подвигов».
Супруги воспитывали как своих детей двух дочерей сестры Елизаветы Константиновны, Анны - Елизавету и Руфину.
Последняя впоследствии вышла замуж за мичмана Николая Шемякина, получив от отца Иоанна в приданое 6000 рублей золотом. Руфина Шемякина записала проповеди последних лет жизни отца Иоанна и в 1909 году издала две книги о своих дяде и тёте.
Хотел принять монашество и поступить в миссионеры, чтобы проповедовать христианство народам Сибири и Америки. Но увидев, что жители столицы «знают Христа не больше, чем дикари какой-нибудь Патагонии», он решил остаться здесь. После рукоположения был направлен в Кронштадт, который являлся не только военно-морской базой, но и местом административной высылки асоциальных личностей и многочисленных нищих и чернорабочих.
В Кронштадте отец Иоанн «стал посещать лачуги, землянки и бедные квартиры. Он утешал брошенных матерей, нянчил их детей, пока мать стирала; помогал деньгами; вразумлял и увещевал пьяниц; раздавал всё своё жалованье бедным, а когда не оставалось денег, отдавал свою рясу, сапоги и сам босой возвращался домой в церковный дом». Это привело даже к тому, что одно время его жалование выдавали не ему, а его жене.
10 декабря 1855 года в кафедральном Петропавловском соборе в Санкт-Петербурге епископом Ревельским Христофором (Эмаусским), викарием Санкт-Петербургской митрополии, был посвящён во диакона, а через день, 12 декабря, 26-летний Иоанн рукоположён в священники к Андреевскому собору Кронштадта, в котором и прослужил 53 года, до самой кончины.
Его новаторское отношение к своим пастырским обязанностям, выражавшееся, в частности, в чрезвычайной эмоциональности его проповедей (как говорили очевидцы, он нередко на них обливался слезами), встречало в 1860-е годы непонимание и неодобрение у других клириков собора, в котором он был тогда только третьим священником, а также школьного начальства.
Вопреки расхожему мнению, исповедь, проводимая Иоанном Кронштадтским, была не общей, а публичной (каждый мог слышать грехи другого).
Призывал к частому приобщению Святых Таин (в России того времени распространено было обыкновение приобщаться дважды или даже единожды в год, Великим постом).
К началу 1890-х годов получил такое почитание в народе, что всюду в России, где только становилось известно о его приезде, заранее собиралось множество людей; вокруг него собирались толпы и буквально рвали его одежду (один раз жители Риги разорвали его рясу на куски, каждый желая иметь у себя кусочек).
Ежегодно с 1891 года ездил к себе на родину в Суру; все поездки, как пишет игумен Иоанн (Самойлов), описаны, спустя несколько дней в местных газетах появлялось подробное описание визита: его встречали многотысячные толпы народа, создавая трудности для обеспечения перемещения и безопасности.
Отец Иоанн предпринимал поездки в разные города России, в которых десятки тысяч людей желали получить у него благословение.
Множество народа бежало по берегу во время проезда отца Иоанна на пароходе, многие люди при приближении парохода становились на колени.
Во время служения отца Иоанна 15 июля 1890 года в Харькове, собор не мог вместить всех молящихся, которые заполнили площадь перед собором и все прилегающие улицы. Во время служения молебна отцом Иоанном на Соборной площади Харькова собралось более 60 тысяч верующих.
Скончался в Кронштадте 20 декабря 1908 года в 7 часов 40 минут утра на 80-м году жизни; не оставил духовного завещания и каких-либо денежных сбережений