Bonjour, Pourriez vous partager le fichier exempla que vous avez créé? J'ai téléchargé une version du fichier TCGA-BRCA, mais je n'ai pas l'expression du gène ANLN. Où puis-je trouver votre version? Je voudrais reproduire et comparer les résultats calculés avec une autre software statistique. Cordialement.
Bonjour, Vous trouverez les données et le code utilisés dans cette vidéo sur le dépôt Github : github.com/epimed/eoc-survival-analysis, dans le dossier "cox-model".
Bonjour, Merci pour votre question intéressante. Effectivement, il peut être très important de vérifier les conditions d’application d’un modèle statistique. Ceci dit, cette question est aussi compliquée. Le modèle de Cox et le test du logrank ont plusieurs conditions d’application, plus ou moins impactantes selon les questions qu’on souhaite résoudre et les hypothèses qu’on avance. Cela nécessite de réaliser une vraie étude qui ne se réduit pas à taper simplement une commande dans Python. La librairie lifelines de Python contient certains outils qui peuvent aider, par exemple, à tester l’hypothèse des risques proportionnels et/ou à estimer l’effectif nécessaire. Vous pouvez trouver l’information détaillée sur ces outils dans la documentation de lifelines : lifelines.readthedocs.io/. Pour d’autres conditions, comme l’indépendance des variables explicatives, il faudrait réaliser des tests statistiques supplémentaires, en utilisant d’autres librairies, par exemple, scipy.
Merci beaucoup
Merci
Bonjour,
Pourriez vous partager le fichier exempla que vous avez créé?
J'ai téléchargé une version du fichier TCGA-BRCA, mais je n'ai pas l'expression du gène ANLN. Où puis-je trouver votre version?
Je voudrais reproduire et comparer les résultats calculés avec une autre software statistique.
Cordialement.
Bonjour,
Vous trouverez les données et le code utilisés dans cette vidéo sur le dépôt Github : github.com/epimed/eoc-survival-analysis, dans le dossier "cox-model".
@@epimedopencourse Bonjour,
Merci beaucoup.
Bonjour, quelle commande tappez vous dans python pour tester la validité du model de cox?
Cordialement
Bonjour,
Merci pour votre question intéressante.
Effectivement, il peut être très important de vérifier les conditions d’application d’un modèle statistique. Ceci dit, cette question est aussi compliquée. Le modèle de Cox et le test du logrank ont plusieurs conditions d’application, plus ou moins impactantes selon les questions qu’on souhaite résoudre et les hypothèses qu’on avance. Cela nécessite de réaliser une vraie étude qui ne se réduit pas à taper simplement une commande dans Python.
La librairie lifelines de Python contient certains outils qui peuvent aider, par exemple, à tester l’hypothèse des risques proportionnels et/ou à estimer l’effectif nécessaire. Vous pouvez trouver l’information détaillée sur ces outils dans la documentation de lifelines : lifelines.readthedocs.io/. Pour d’autres conditions, comme l’indépendance des variables explicatives, il faudrait réaliser des tests statistiques supplémentaires, en utilisant d’autres librairies, par exemple, scipy.
@@epimedopencourse merci de m'avoir repondu :)