Red de Haplotipos con PopArt desde cero y asignación de Traits

Se presentan los tres pasos para generar una red de haplotipos desde CERO. Tres sencillos pasos.
Artículo para secuencias
parasitesandve...
Programas
www.ub.edu/dnasp/
www.megasoftwa...
popart.otago.ac.nz
Si quieren un tutorial en R y PEGAS dejen su like

[@mikearenasmusic3642]

Gracias por este video...

[@807807juninho]

Muchas gracias por el video!! Fue super instructivo y claro, soluciono todas mis dudas!!

[@monsarg6178]

gracias!!!!

[@javiercamiloguzmanvalencia4814]

Saludos desde Colombia. Muchas gracias por el tutorial, es bastante claro y el mejor que he visto para este tema. Quisiera hacerte dos preguntas...: Si las diferencias de tamaños de las secuencias, evidente en el alineamiento, es muy alta, es decir, si alineo algunas secuencias (por ejemplo 5 con 1000 pb) contra otro grupo de secuencias más homogéneo (20 con 650-700 pb) eso puede tener una repercusión en el resultado ? o los programas solo se basan en las regiones alineadas para realizar el análisis?. La otra pregunta es, Cómo guardo la sesión En PopArt para abrirla posteriormente y que siga manteniendo la estructura del gráfico, o debo subir siempre los archivos .net y los traits cada vez que quiero analizar los mismos datos.

[@Calaf120]

hola, gracias por comentar
1.- Desde que haces el alineamiento en DNAsp, se le da la orden que NO contenple los GAPS como un factor de generar Haplotipos. Al final se aliena con las secuencioas concenso.
1.1.- Generalmente yo corroboro con PEGAS en R y pues tienen concenso entre DNAsp y PEGAS
1.2.-Y luego, con APE en R corroboro lo que me genera popArt
2.-En popArt no se puede guardar la sesión, lametablemnte se tiene que cargar todo de nuevo todos los archivos para hacer el análisis.

[@irenecasanova6885]

Hola!! Muchísimas gracias por el vídeo! Una pregunta.. hice los alineamientos en MAFFT y al abrirlos en DNAsp me da errores por que el archivo contiene letras (error por L, K, M...) de los ID de cada secuencia. Cómo puedo arreglar esto? o en que otro programa puedo determinar los haplotipos y sus frecuencias? Mil gracias

[@Calaf120]

Puedes intentar editar con Excel para eliminar los L,K,M etc.