Te agradezco ahora y por siempre este video porque gracias a él podré hacer mi trabajo final de Bioinformática. De pasada gracias a tu video pude ver que nuestro profesor no nos enseñó muchas cosas sobre autodock y el docking proteína-ligando. Mil gracias amigo, me has salvado el pellejo.
Excelente tutorial!! quiero comentar que los que usen Windows y tienen el mismo problema del Run autogrid, yo coloque el autogrid4.exe en el disco local, sin meterlo a una carpeta porque el cmd me indicaba que no podía encontrarlo, entonces lo saque de las carpetas, volví a colocar la nueva dirección y fue asi como encontró el ejecutable. Sin embargo, cuando volví a realizar el ensayo me marco el cmd que el archivo gpf no lo encontraba, lo que hice fue moverlo de lugar de nuevo, y solamente asi se pudo realizar el ensayo. Espero que les haya ayudado.
Es el primer video que me veo tuyo y quiero saber e informarme un poco más. Me podrías darme unas pautas de que orden debo seguir de tus vídeos? Por cierto, está genial muy bien explicado y muy ameno. Gracias, un saludo y estamos en contacto para seguir hablando y a ver si algún día podemos ver algo juntos
Hola, estoy en proceso de actualizar los vídeos. Te recomiendo unirte al grupo de facebook donde publico todas las actualizaciones. facebook.com/groups/dockingo
Hola doc, que bueno que le gustó el vídeo. Le mando correo para ver que planteamos. Mi tesis de doctorado ya salió, pero tengo varias ideas y creo que usted me puede ayudar.
Muy buen video lo estoy aplicando en mi trabajo de tesis y lo estoy implementando en linux de pronto sabes de algun sustento que apoye el uso de linux en docking
Muchísimas gracias, de verdad me has ayudado mucho con tú vídeo, este mundo de la bioinformática de gusta sobre todo dedicado a la proteínas, aunque todavía soy principiante. Tengo unas preguntas: 1. Este tipo de ensayo de puede hacer con un modelo realizado por predicción? lo digo por si todavía no hay un reporte de un cristal de la proteína de interés. 2. Con que programa se puede hacer un ensayo de interacción proteína-proteína? ver que regiones entre las proteínas tienen una mayor probabilidad de interacción y de alguna forma poder medir la fuerza de esa interacción? Justamente quiero hacer un pequeño ensayo de Docking para complementar unos resultados obtenidos. Muchas gracias!
Si no está cristalizada tu proteína puedes utilizar la que modelaste y funciona sin bien. El problema es que tu comité revisor suele pedirte la validación del modelo, no es complicada de hacer. Para el docking proteína-proteína el más usado y además gratuito es HADDOCK. Posteriormente subiré vídeos de modelado de novo, validación y docking proteína-proteína.
@@Andryech Muchas gracias, he podido hacer unos modelos con swiss-model y Phyre2 por lo que he visto son de los mejores para hacer esto. Para esa validación del modelo hay que usar otro programa o hay que calcular algo en especifico? Gracias por la ayuda y por los vídeos, estaré atento a los próximos vídeos sobre el docking proteína-proteína.
Eh estado batallando en abrir la molecula limpia en Autodocks, es decir sin nada de residuos solo la proteína. Al igual que el ligando no me permite abrirlo en Autodocks y eso que la molecula se encuentra en .mol2
Excelente video, muchas gracias. Aprovecho la oportunidad para preguntarte como haga para aumentar los DPI de mi programa autodock Tools ya que la calidad de imagen se ve borrosa ???
@@Andryech muchas gracias por tu respuesta. Compre una laptop Lenovo ryzen 7 de la serie 4000 pero no puede instalar ubuntu así trabajo con windows. Cuando trate de instalar Linux hubo mucho problema por los permisos del disco
Si tienes intenciones serias con la bioinformática te recomiendo insistir en instalar ubuntu. Crea una memoria boteable con ubuntu, borra todo en tu disco duro y crea las particiones desde cero, si quieres dejar una para windows pues ya después se lo reinstalas.
Gracias!. El docking covalente se puede hacer con varios software, te dejo el link de un artículo donde analizan la mayoria de los disponibles actualmente. Comparative Evaluation of Covalent Docking Tools pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.8b00228
Amigo, primero, muchas gracias por tu grandioso canal. En mi caso, al hacer el docking ciego mi lingado no se mueve, solo la proteín. Qué crees que haya sucedido? Saludos.
Excelente video! my completo y facil de entender, enhorabuena! Quería preguntarte porque una vez terminado el docking, si quiero visualizar el complejo en otros programas (pymol, chimera, etc) me modifican la molecula añadiendole átomos o anillos que no tienen sentido tanto al ligando como a la proteina, no se si sabrías como solucionarlo o es algun fallo de estos software al leerlo (en autodock sigue apareciendo las moleculas bien). Muchas gracias!
A veces solo son errores visuales, revisa el archivo pdb. Si son errores reales, exporta desde AutodockTools tu pdb y verifíca en Avogadro la estructura. Si tiene errores desde avogadro corrígelos y revisa si Autodock lo reconoce, puede que desde Autodock lleves el error. Los softwares más amigables con los formatos son Avogadro y OpenBabel.
Hola, muy buen vídeo, solo tengo una duda en el minuto 44:46 al elegir show interactions en la pestaña analize me marca un error, todo lo demás me salió muy bien, fuiste muy detallado en las instrucciones. Gracias
Muchas gracias por el video. Me ha sido de gran ayuda. Tengo una pregunta. Dónde puedo conseguir una metodología para diseñar mi ligando. Es una toxina (30 aminoácidos) y no hay modelo por homología ni cristal, dado que es una especie rara. Gracias
Es muy interesante un nuevo péptido para usar como ligando. Ya que no hay información pues te toca diseñarlo con I-Tasser, Rosseta, Swiss Model. Posteriormente hacer una validación de tu modelo.
@@kainaquinterochavez3454 Hola, el software más ampliamente usado para esos casos es HADDOCK, y luego con los complejos obtenidos debes realizar dinámica molecular.
Hola buen día, soy nuevo en el mundo del docking muy buen video, tengo una pregunta que descriptores de los resultados que se obteniendo mediante el docking pueden asociarse a un ligando que describa que ese ligando puede tener una buena actividad microbiana o antifúngica comparando con valores experimentales
@@cesargonzalez1776 Así es. La minimización lo que hace es que la distancia entre átomos y los ángulos sea la adecuada. Como dices la conformación se moverá.
me encanta tu vídeo y quisiera pedirte ayuda ya que al dar run...me sale error no puede leer la macromolécula y ya la he cambiado... yo la descargo en pdb y luego la guardo como pdbqt y aún así no corre ...te agradezco si me das una manito
Hola, me parece súper el video. En una parte mencionaste qué hay otros programas que te permiten hace docking proteína proteína, me podrías decir cuáles son? En este momento estoy intentando modelar moléculas grandes y quiero usar los programas adecuados pero la literatura me remitió a autodock.
Para docking proteina-proteina el más utilizado es HADDOCK o bien meterlo a dinámica podría servir. No he visto docking de ese tipo en Autodock, pero últimamente he descubierto muchas cosas que no sabía, así que si encuentras la forma o la referencia de como hacerlo pásamela y hago un vídeo con instrucciones. :)
Mil gracias por tus videos. Una consulta, es necesario usar avogadro para tener el ligando en formato .mol? puedo usar openbabel? y si el caso que pudiera usar openbabel, cuál sería el procedimiento?, yo lo converti usando openbabel de sdf a mol2 pero sólo me aparece el código y quisiera tener el archivo en mol2. Gracias de antemano.
Hola, lo más recomendado para obtener más conformaciones es hacerlo varias veces. Te recomiendo ver el vídeo de Autodock Vina porque es más fácil programar que se haga de forma automática 100 o 1000 veces.
Hola muchas gracias por tus videos, sin duda estoy aprendiendo mucho sobre docking molecular. No obstante, no puedo completar el ejercicio, a la hora de abrir mi macromolécula ya tratada en Chimera y al realizar la adición de hidrógenos, Autodock me dice que la molécula está abierta y encuentra non-bounded atoms. Sabes cuál podría ser el problema y cómo solucionarlo? gracias de antemano.
Hola, los non-bounded atoms son un problema común de los archivos de cristalografía que pierden fragmentos. esto se puede corregir pasandolo por charmm-gui.
Gracias por el video. tengo una pregunta. Antes podía abrir archivos de receptor en formato .pdbqt en chimera y ahora que estoy realizando el ensayo no me permite. hay alguna solución?
Porque estas trabajando en Windows, pon en vista de detalles y corrobora las extensiones. Si no las tiene ponlas a mano. Si quieres solucionarlo definitivamente, cambiate a llinux.
Hola, muchísimas gracias!!!!! Excelente tutorial!!!! Te hago una preguntita, yo estoy trabajando con una proteína cuyo ligando es un péptido, entonces tengo entendido que Autodock no sería adecuado por como parametriza al ligando, ¿algún software que me recomiendes para poder hacer un docking de este sistema? Muchas gracias desde ya!!
Si, ahí viene la opción del Write pdb. Pero en mi experiencia he tenido muchos errores en este proceso y que despues otro programa reconozca bien el complejo. Lo que más me ha funcionado es abrir el archivo de salida, copiar la pose que me interesa al pdb (de esto hay un vídeo en el canal), y posteriormente pasarlo por Srondinger "Maestro", y de ahí me funciona sin problemas para cualquier cosa.
Hola, muy buenas noches. 2 cosas: 1.) En el minuto 39:20 hablas de las interacciones resultantes del Docking, quiero saber como poner en dinámica (con que programa o si con este mismo) la interacción , puede ser la del puente de hidrógeno y evaluar si se mantiene, como evaluó o hago eso. 2. Donde puedo ver el vídeo de Docking flexible. Eres muy amable, muchas gracias, quedó atento a cualquier respuesta.
Meter el complejo resultante de docking en dinámica molecular es un proceso algo largo, se hace con Gromacs o NAMD comunmente. Aún no hago un tutorial para hay varios en inglés. El docking flexible si está en el canal, este es su link: ua-cam.com/video/Ry6krsG9nhE/v-deo.html
hola, muy genial el tutorial peeero, mi autodock tools no está guardando los archivos con formato gpf y dpf, como resultado de esto cuando intento seleccionar los archivos en la carpeta el mismo programa no los detecta, no se si tengas una solución a eso.
Hola, muchas gracias por l vídeo. He estado teniendo problemas para correr el Autodock, me dice que no encuentra un archivo con terminación HD.map, pero cuando realizó el autogrid, no genera ese archivo. Gracias
Disculpe doctor, me podría proporcionar el link del video para instalar Avogadro, lo que pasa que he tenido problemas para ejecutar, al ejecutar desde la terminal se instala la versión 2.0 y yo necesito la versión 1.2
Desde Ubuntu 20 se instala automaticamente Avogadro2, y no es recomendable instalar la anterior. Con Avogadro2 puedes hacer todo, solo hay que revisar donde está en el menú.
Hola, tengo una duda, bueno como mil, pero sabes de qué hago todo y cuando corro autogrid4 luego luego se cierra y no me crea mapas... justo el error que dices en el minuto 27, alguna idea de cómo solucionarlo, lo ejecutó en Windows
Podrías ayudarme por qué no me aparece la opción de minimizar energía en el Avogadro? además al instalarlo se me instala es el avogadro 1.93 y no la versión 2.0 y no sé como actualizar la versión porque ya probé reinstalando desde la terminal y sigue instalandose la misma versión
Avogadro 2 tiene muchas diferencias que limitan su uso. Pero la opción la encuentras en Extension/Openbabel/minimization. Algo así, búcala ahí en el menú.
Hola muchas gracias por tu tutorial, cuando quiero visualizar la proteina en formato de cintas en autodock tools me sale error y me dice que no hay una estructura en 2 D para la cadena A (estoy haciendo el mismo ejercicio con la misma proteína que usaste) a que puede deberse ese error?
Hola, debes estar agregando un archivo adicional. Que no tiene estructura, las cintas solo se muestran para estructuras protéicas. Actualizaré el vídeo proximamente y se vienen algunos cursos.
Disculpe Dr., ha pasado un día desde que hice mi docking con autodock y la ventana que dice "Autodock Process Manager" no desaparece. Puedo ver el archivo .dlg en mis carpeta de descargas, pero esa ventana no desaparece, ¿Qué debo hacer?
jejeje vaya que interesante, es muy grande la caja de muestreo que hiciste?, porque implica que está procesando algo por mucho tiempo. Podrías probar con VINA que es más rápido para saber si tu docking puede correr bien, y luego regresar a Autodock para el resto de parámetros. Me da curiosidad saber qué hiciste, y cuál es el tamaño de tu caja.
Hola! Estoy trabajando desde windows 11, Autodock tools no me permite ver la repersentaación de cintas y me lanza una serie de códigos. Agradeceré tu apoyo ó algún tip. Saludos!
Hola. Gracias por el video. Tengo un problema al generar el archivo .glg me aparece ERROR: can´t find or open receptor PDBQT file " receptor.pdbqt" si me puede ayudar con ello.
Tengo un problema, a la hora de guardar el grid.gpf no lo guarda con la extensión es decir cuando quiero correr el autogrid no me aparece el archivo. A que se puede deber?
Si lo estás haciendo en Windows es porque en ese sistema operativo no se le coloca la extensión .gpf debes agrgarsela manualmente Si lo estás haciendo en Linux es porque la ruta que colocaste está mal escrita.
Hola Andryech. Una consulta, estoy usando AutoDock Tools 1.5.7 ¿por qué cuando abro la proteína con la cual trabajaste, Ache.pdb, puedo ver todas las representaciones del panel de "All Molecules", menos la de Ribbon. Aparece un error en una ventana de Python 2.7.11 Sheell, IndexError: String index out of range, no secondary structure set for chain: A ! ? Además de otros. Gracias.
@@PerlitoOlim, Hola, estado algo ocupado. He retomado lo del docking, decirte que si continua el error, no puedo ver la estructura secundaria de esta proteína. Tienes alguna idea de como solucionarlo?
@@kevinmontalbanrivera4758 Lo que a mi me ha funcionado es abrir la molécula de la proteína ya limpia en autodock tools y una vez que la abres vuelvela a guardar, es decir sobreescribe la proteína en pdb con el archivo que ya tenías y te permitirá visualizar la proteína de la manera que deseas.
Casi no he incursionado en pruebas diagnósticas, no se me ocurre ningún ejemplo. Me parece que estas herramientas serían útiles en estudios previos para diseñar moléculas diana para esas pruebas. Bueno si encuentras aplicaciones después me cuentas para aprender todos. Saludos.
Agradezco mucho por su vídeo que me ha servido de mucho Sin embargo me enfrente con un par de problemas al usar el programa trabajando desde Ubuntu 20.04 El primero ocurre al tratar de guardar como archivo .PDBQT, me arroja ventana con el código del error. Revisando parece ser que es debido a que la proteína seleccionada no es la indicada para trabajar con nuestro ligando, por lo que cambie y parece ser se soluciono el problema. Sin embargo se me genera un segundo error mas adelante. El segundo error ocurre al tratar de abrir el archivo .dlg, nuevamente aparece ventana con el código. Dicho problema aun no encuentro solución
@@mayrajuliethmendez4710 Tu pH es fisiológico, debería de tener el estado de protonación normal que te da. Que cambios le ves en tu molécula? Tienes el avogadro azúl o naranja?
hola, quería preguntar, los archivos ud muestra al correr el autogrid, no se me están generando, y no me genera ningún dialogo de error, ¿alguna sugerencia de qué podría ser? :( gracias de antemano
Hola, tengo una pregunta, si el recuadro me apareció y desapareció muy rápido, ¿Qué pudo haber quedado mal? me refiero a después de haber hecho el run auto grid, saludos.
Hola, me podrías ayudar a modificar el solvente en el que se esta trabajando? me gustaría trabajar con solución salina :( en AutoDock, sabes si es posible?
Hola, el docking no toma en cuenta el solvente. Si acaso puedes modificar el estado de protonación por el pH. Si quieres usar solvente debes usar dinámica molecular, te puedo ayudar con eso si quieres.
Hola, cuando quiero guardar el archivo gpf de grid box me aparece esto "you must choose a macromolecule before writing gpf" me podria indicar como solucionarlo? desde ya muchas gracias
Es probable que no tenga estructura secundaria definida, por eso no encuentra alfa helices o betas plegadas. Puede que tengas fragmentos sin plegamiento también.
Hola, estaba tratando de correr autodock en Windows, pero al seleccionar Run Autogrid, me aparece este mensaje... C:/Program Files (x86)/ The Scripps Research Institute/Autodock/4.2.6/autogrid4.exe: Sorry,I canta find or Open Grid Parameter File.
Es porque en Windows el archivo grid no se guarda con la extensión .glgque me parece que es la que debe tener, ponle la extensión a mano editando el nombre. Así podrá funcionar el proceso.
ni idea, XD. Mandame una captura del menú sin la opción. Me parece muy curioso que te ocurra eso, podríamos revisar de que se trata el bug. Si estás haciendo en windows probablemente sea que le falten librerías. Pero es la primera vez que escucho de algo así. También revisa la versión del software
¡Hola! Te gradezco por el vídeo. Pero tengo un problema, a pesar de que guarde los archivos '.gpf' y '.dpf' y sé que están en el directorio que uso, no aparecen al intentar correr el docking. ¿Cómo soluciono este problema? Trabajo en Windows.
Algo debes estar haciendo mal en el proceso. Vuelve a intentar. Para mejores resultados ejecuta AutodockTools desde la terminal porque cuando te pasa eso de que aparece el error y desaparece la ventana rápido queda un registro en la terminal sobre el error.
Debe estar junto al de AutoDock4, busca ese y ahí debe andar. En mi caso está en esta dirección: C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6 Si de plano no lo encuentras vuelve a instalarlo y ahora pon atención donde se guarda.
Hola puedes mandarme msj con una captura con el mensaje de error?, y te paso mi archivo .dlg para que hagas pruebas. Mi correo es andresreyes@cinvestav.mx, o en mi pagina de fb.
Lo principal es que la ruta esté mal escrita, en otro caso que los archivos de entrada no sean adecuados y por último y sobre todo en windows, que las librerías no se hayan instalado del todo.
Hola Andrés. Mira estoy haciendo un docking y en el minuto 19:15 cuando guardo el ligando me sale esto, y no puedo guardar mi ligando en formato pdbqt con las modificaciones que le realizas (agregar la carga, agregar hidrógenos polares y quitar hidrógenos no polares), ¿qué podría hacer para solucionar esto? Gracias por tu tiempo: Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32 Type "copyright", "credits" or "license()" for more information. **************************************************************** Personal firewall software may warn about the connection IDLE makes to its subprocess using this computer's internal loopback interface. This connection is not visible on any external interface and no data is sent to or received from the Internet. ****************************************************************
IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ==== >>> charges on carbons unchanged ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 1374, in doit mol.LPO.write(filename) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 888, in write self.writer.write(mol, outputfilename) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in write ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors)) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\tree.py", line 622, in get result = filter(selectionString, self.data) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors)) AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'
Hay un error en la preparación del ligando. Traten de prepararlo de en primer lugar, o por separado. Les dejo un link donde se discutió ese error: www.researchgate.net/post/How_do_I_solve_this_error_in_autodock
Si se cierra la ventana rápido tiene un error de ejecución. Prueba ejecutar Autodock Tools desde la terminal, así cuando te pase eso podrás saber que error tienes, porque en la terminal aparece.
@@Andryech Muchas gracias. Lo alcance a solucionar. Lo que pasa es que uso windows y modifique el valor nice level de 0 a 20. Si lo dejo en cero funcióna bien.
Hola ! Me sucede lo mismo, intento correr el autogrid pero desaparece muy rápido la ventana y no me genera ningún mapa. Me podrían ayudar ? Si está bien mi ruta , la extensión .gpf y en nice level al igual que usted cómo uso Windows marca 0 como valor predeterminado
Te agradezco ahora y por siempre este video porque gracias a él podré hacer mi trabajo final de Bioinformática. De pasada gracias a tu video pude ver que nuestro profesor no nos enseñó muchas cosas sobre autodock y el docking proteína-ligando.
Mil gracias amigo, me has salvado el pellejo.
No sean tan duros juzgando, todos estamos aprendiendo. Que bueno que te haya servido!!, sigue aprendiendo más, porque ocupamos investigadores. :)
No sabes cuanto te lo agradezco, he estado batallando con una molécula pero en cuestión de minutos lo has solucionado.
Me da gusto haberte ayudado.
@@Andryech hola mi novia estudia un doctorado y se le complica mucho podrías ayudarme a encontrar una forma más fácil?
Excelente tutorial!! quiero comentar que los que usen Windows y tienen el mismo problema del Run autogrid, yo coloque el autogrid4.exe en el disco local, sin meterlo a una carpeta porque el cmd me indicaba que no podía encontrarlo, entonces lo saque de las carpetas, volví a colocar la nueva dirección y fue asi como encontró el ejecutable. Sin embargo, cuando volví a realizar el ensayo me marco el cmd que el archivo gpf no lo encontraba, lo que hice fue moverlo de lugar de nuevo, y solamente asi se pudo realizar el ensayo. Espero que les haya ayudado.
Yo tuve que nombrar en la carpeta de trabajo las extensiones del grid y del dock para que las reconociera el programa.
De verdad tu facilidad de expresarte es impresionante, haces las cosas más fáciles
Estoy muy interesa en el siguiente video, para reportar los resultados. Muchas gracias
Excelente video, de mucha ayuda para quienes vamos comenzando en este área
Mil gracias. Muy buen video.
¡Muchas gracias por el video !
Es el primer video que me veo tuyo y quiero saber e informarme un poco más. Me podrías darme unas pautas de que orden debo seguir de tus vídeos? Por cierto, está genial muy bien explicado y muy ameno. Gracias, un saludo y estamos en contacto para seguir hablando y a ver si algún día podemos ver algo juntos
Hola, estoy en proceso de actualizar los vídeos. Te recomiendo unirte al grupo de facebook donde publico todas las actualizaciones. facebook.com/groups/dockingo
Excelente video. Tengo uab pregunta. Que tipo software se usan para hacer docking proteína-proteina
HADDOCK, o HDOCK, dependiendo del tamaño de la proteína. O directamente dinámica molecular.
Buen video, cuando vamos a trabajar?
Hola doc, que bueno que le gustó el vídeo. Le mando correo para ver que planteamos. Mi tesis de doctorado ya salió, pero tengo varias ideas y creo que usted me puede ayudar.
Muy buen video lo estoy aplicando en mi trabajo de tesis y lo estoy implementando en linux de pronto sabes de algun sustento que apoye el uso de linux en docking
No necesitas un sustento, es solo un sistema operativo. Linux no va a cambiar en nada tus resultados.
Muchísimas gracias, de verdad me has ayudado mucho con tú vídeo, este mundo de la bioinformática de gusta sobre todo dedicado a la proteínas, aunque todavía soy principiante. Tengo unas preguntas:
1. Este tipo de ensayo de puede hacer con un modelo realizado por predicción? lo digo por si todavía no hay un reporte de un cristal de la proteína de interés.
2. Con que programa se puede hacer un ensayo de interacción proteína-proteína? ver que regiones entre las proteínas tienen una mayor probabilidad de interacción y de alguna forma poder medir la fuerza de esa interacción? Justamente quiero hacer un pequeño ensayo de Docking para complementar unos resultados obtenidos.
Muchas gracias!
Si no está cristalizada tu proteína puedes utilizar la que modelaste y funciona sin bien. El problema es que tu comité revisor suele pedirte la validación del modelo, no es complicada de hacer. Para el docking proteína-proteína el más usado y además gratuito es HADDOCK. Posteriormente subiré vídeos de modelado de novo, validación y docking proteína-proteína.
@@Andryech Muchas gracias, he podido hacer unos modelos con swiss-model y Phyre2 por lo que he visto son de los mejores para hacer esto. Para esa validación del modelo hay que usar otro programa o hay que calcular algo en especifico?
Gracias por la ayuda y por los vídeos, estaré atento a los próximos vídeos sobre el docking proteína-proteína.
Eh estado batallando en abrir la molecula limpia en Autodocks, es decir sin nada de residuos solo la proteína. Al igual que el ligando no me permite abrirlo en Autodocks y eso que la molecula se encuentra en .mol2
Excelente video, muchas gracias.
Aprovecho la oportunidad para preguntarte como haga para aumentar los DPI de mi programa autodock Tools ya que la calidad de imagen se ve borrosa ???
Es un error común de windows, te recomiendo usar linux si puedes. Desconozco las razones ese error.
@@Andryech muchas gracias por tu respuesta. Compre una laptop Lenovo ryzen 7 de la serie 4000 pero no puede instalar ubuntu así trabajo con windows. Cuando trate de instalar Linux hubo mucho problema por los permisos del disco
Si tienes intenciones serias con la bioinformática te recomiendo insistir en instalar ubuntu. Crea una memoria boteable con ubuntu, borra todo en tu disco duro y crea las particiones desde cero, si quieres dejar una para windows pues ya después se lo reinstalas.
Excelentes videos. Una duda. cómo se realiza un docking considerando enlaces covalentes? tendrá algún material.
Gracias!. El docking covalente se puede hacer con varios software, te dejo el link de un artículo donde analizan la mayoria de los disponibles actualmente. Comparative Evaluation of Covalent Docking Tools
pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.8b00228
@@Andryech muchas gracias!!! :D !!!!!
Gracias
Extraordinario.
Amigo, primero, muchas gracias por tu grandioso canal. En mi caso, al hacer el docking ciego mi lingado no se mueve, solo la proteín. Qué crees que haya sucedido? Saludos.
No se mueve? La proteína es la que no.debetia de moverse... No sé exactamente lo que te ocurre. Xd
Bro si quisiera usar un peptido cortito de 11 aminoacidos en vez de paraoxon, también debo usar la misma configuración en Avogadro?
¡Exlente video!, oye y ¿Qué pasa si no haces minimización de energía de tu ligando?
No mucho, las distancias de enlace son estándar. Pero lo mejor es hacerlo para mejorar aunque sea un poco.
Excelente video! my completo y facil de entender, enhorabuena! Quería preguntarte porque una vez terminado el docking, si quiero visualizar el complejo en otros programas (pymol, chimera, etc) me modifican la molecula añadiendole átomos o anillos que no tienen sentido tanto al ligando como a la proteina, no se si sabrías como solucionarlo o es algun fallo de estos software al leerlo (en autodock sigue apareciendo las moleculas bien). Muchas gracias!
A veces solo son errores visuales, revisa el archivo pdb. Si son errores reales, exporta desde AutodockTools tu pdb y verifíca en Avogadro la estructura. Si tiene errores desde avogadro corrígelos y revisa si Autodock lo reconoce, puede que desde Autodock lleves el error. Los softwares más amigables con los formatos son Avogadro y OpenBabel.
Muchas gracias!
Hola, muy buen vídeo, solo tengo una duda en el minuto 44:46 al elegir show interactions en la pestaña analize me marca un error, todo lo demás me salió muy bien, fuiste muy detallado en las instrucciones.
Gracias
Hola, pon que dice el error. Si no ni idea de como ayudarte.
Fantástico!
Muchas gracias por el video. Me ha sido de gran ayuda. Tengo una pregunta. Dónde puedo conseguir una metodología para diseñar mi ligando. Es una toxina (30 aminoácidos) y no hay modelo por homología ni cristal, dado que es una especie rara. Gracias
Es muy interesante un nuevo péptido para usar como ligando. Ya que no hay información pues te toca diseñarlo con I-Tasser, Rosseta, Swiss Model. Posteriormente hacer una validación de tu modelo.
@@Andryech hola me interesa un tutorial de eso! explicas muy bien, y una pregunta que software puedo usar para proteina-proteina o proteina-DNA?
@@kainaquinterochavez3454 Hola, el software más ampliamente usado para esos casos es HADDOCK, y luego con los complejos obtenidos debes realizar dinámica molecular.
¡Excelente vídeo!
Thank you! Please make tutorial about molecular simulation protein-ligand complex in any software!
Will come soon
hola, cual recomiendas mas, autodock tools o autodock vina a través de chimera?
Si es por Chimera, mejor Vina. En general vina se usa por ser más rápido con buen rendimiento. AutoDock4 para mejores resultados, pero es más lento.
Hola buen día, soy nuevo en el mundo del docking muy buen video, tengo una pregunta que descriptores de los resultados que se obteniendo mediante el docking pueden asociarse a un ligando que describa que ese ligando puede tener una buena actividad microbiana o antifúngica comparando con valores experimentales
Mételo a PASS Online y ahí vienen actividades antifúngicas y anticrobianas. O modela proteínas blanco de bacterias para ver su afinidad con estas.
Es necesario meter el ligndo a Gaussian para minimizar?
No. Eso se hace para parametrizar un nuevo ligando y meterlo a dinámica. Para docking con una minimización en Avogadro u OpenBabel es suficiente.
@@Andryech Es porque de todos modos se van a explorar muchas confirmaciones, vdd?
@@cesargonzalez1776 Así es. La minimización lo que hace es que la distancia entre átomos y los ángulos sea la adecuada. Como dices la conformación se moverá.
me encanta tu vídeo y quisiera pedirte ayuda ya que al dar run...me sale error no puede leer la macromolécula y ya la he cambiado... yo la descargo en pdb y luego la guardo como pdbqt y aún así no corre ...te agradezco si me das una manito
Mandame msj por la página de Fb con una captura del error que te da, o por correo como gustes, dejo ambos en la descripción.
Hola, me parece súper el video. En una parte mencionaste qué hay otros programas que te permiten hace docking proteína proteína, me podrías decir cuáles son? En este momento estoy intentando modelar moléculas grandes y quiero usar los programas adecuados pero la literatura me remitió a autodock.
Para docking proteina-proteina el más utilizado es HADDOCK o bien meterlo a dinámica podría servir. No he visto docking de ese tipo en Autodock, pero últimamente he descubierto muchas cosas que no sabía, así que si encuentras la forma o la referencia de como hacerlo pásamela y hago un vídeo con instrucciones. :)
Mil gracias por tus videos. Una consulta, es necesario usar avogadro para tener el ligando en formato .mol? puedo usar openbabel? y si el caso que pudiera usar openbabel, cuál sería el procedimiento?, yo lo converti usando openbabel de sdf a mol2 pero sólo me aparece el código y quisiera tener el archivo en mol2. Gracias de antemano.
Hola, con open babel se puede. El comando es así: obabel -i sdf NOMBRE.sdf -o mol2 -O NOMBRE.mol2
Solo sustituye donde dice nombre, por el tus archivos
@@Andryech Gracias, me funcionó :)
Hola, disculpa si quisiera tener más conformaciones ¿Qué puedo hacer?
Hola, lo más recomendado para obtener más conformaciones es hacerlo varias veces. Te recomiendo ver el vídeo de Autodock Vina porque es más fácil programar que se haga de forma automática 100 o 1000 veces.
Hola muchas gracias por tus videos, sin duda estoy aprendiendo mucho sobre docking molecular. No obstante, no puedo completar el ejercicio, a la hora de abrir mi macromolécula ya tratada en Chimera y al realizar la adición de hidrógenos, Autodock me dice que la molécula está abierta y encuentra non-bounded atoms. Sabes cuál podría ser el problema y cómo solucionarlo? gracias de antemano.
Hola, los non-bounded atoms son un problema común de los archivos de cristalografía que pierden fragmentos. esto se puede corregir pasandolo por charmm-gui.
Buenas tardes Dr....Doc quiero hacer docking entre un RNA pequeño y un ligando...es posible?
Hola, usa HADDOCK para esos casos.
Gracias por el video. tengo una pregunta. Antes podía abrir archivos de receptor en formato .pdbqt en chimera y ahora que estoy realizando el ensayo no me permite. hay alguna solución?
Chimera no lee bien los pdbqt. Ábrelo en pdb, es lo mismo.
Muchas gracias, una pregunta mas por que en la carpeta no me aparecen las extensiones ni los programas
gracias
Porque estas trabajando en Windows, pon en vista de detalles y corrobora las extensiones. Si no las tiene ponlas a mano. Si quieres solucionarlo definitivamente, cambiate a llinux.
@@Andryech muchas gracias
Hola, muchísimas gracias!!!!! Excelente tutorial!!!! Te hago una preguntita, yo estoy trabajando con una proteína cuyo ligando es un péptido, entonces tengo entendido que Autodock no sería adecuado por como parametriza al ligando, ¿algún software que me recomiendes para poder hacer un docking de este sistema? Muchas gracias desde ya!!
Hola, no he hecho docking proteína-peptido. Voy a probar, si alguien nos quiere recomendar software estaría genial.
Hola, sabes cómo agregar cargas a un átomo en particular? Gracias
Lo más fácil es hacerlo con avogadro y exportarlo en mol2. Si autodock tools no te lo acepta prueba con Vina.
Hola muchas gracias, se lo modifique manualmente en el archivo pdbqt por qué no lo reconocia, muchas gracias.
Genial, eso estuvo mucho mejor. Que bien, lo tendré en cuenta como opción.
¿se pude guardar un archivo de la proteina y el ligando acoplado? (la mejor opción de los 10 obtenidos)
Si, ahí viene la opción del Write pdb. Pero en mi experiencia he tenido muchos errores en este proceso y que despues otro programa reconozca bien el complejo. Lo que más me ha funcionado es abrir el archivo de salida, copiar la pose que me interesa al pdb (de esto hay un vídeo en el canal), y posteriormente pasarlo por Srondinger "Maestro", y de ahí me funciona sin problemas para cualquier cosa.
@@Andryech Muchas gracias, voy a buscar tu video.
Hola, muy buenas noches.
2 cosas:
1.) En el minuto 39:20 hablas de las interacciones resultantes del Docking, quiero saber como poner en dinámica (con que programa o si con este mismo) la interacción , puede ser la del puente de hidrógeno y evaluar si se mantiene, como evaluó o hago eso.
2. Donde puedo ver el vídeo de Docking flexible.
Eres muy amable, muchas gracias, quedó atento a cualquier respuesta.
Meter el complejo resultante de docking en dinámica molecular es un proceso algo largo, se hace con Gromacs o NAMD comunmente. Aún no hago un tutorial para hay varios en inglés. El docking flexible si está en el canal, este es su link: ua-cam.com/video/Ry6krsG9nhE/v-deo.html
Muchísimas gracias
hola, muy genial el tutorial peeero, mi autodock tools no está guardando los archivos con formato gpf y dpf, como resultado de esto cuando intento seleccionar los archivos en la carpeta el mismo programa no los detecta, no se si tengas una solución a eso.
Tienes que que escribir la extensión a mano. Pone por ejemplo el nombre de tu archivo y .gpf. Así lo reconocerá
Confirmo, en Windows ese bug se soluciona poniendo a mano las extensiones.
Hola, muchas gracias por l vídeo. He estado teniendo problemas para correr el Autodock, me dice que no encuentra un archivo con terminación HD.map, pero cuando realizó el autogrid, no genera ese archivo. Gracias
Estás tratando de usar un átomo no estándar. Cómo es tu ligando?
Disculpe doctor, me podría proporcionar el link del video para instalar Avogadro, lo que pasa que he tenido problemas para ejecutar, al ejecutar desde la terminal se instala la versión 2.0 y yo necesito la versión 1.2
Desde Ubuntu 20 se instala automaticamente Avogadro2, y no es recomendable instalar la anterior. Con Avogadro2 puedes hacer todo, solo hay que revisar donde está en el menú.
hola
¿que software me recomiendas para hacer un docking proteína proteína que sea así de didáctico como autodock tools?
Uno muy sencillo de usar es HDOCK, ya si quieres algo más complejo entonces usa HADDOCK. Saludos. :)
hola, yo tengo pronlemas con el grid. al ponerle en parametre file name en el menu de rungrid, no me aparece el archivo de la caja que guarde
Cuando lo haces en Windows no le escribe la extensión, ve al archivo y pónsela a mano, .grid
Hola, tengo una duda, bueno como mil, pero sabes de qué hago todo y cuando corro autogrid4 luego luego se cierra y no me crea mapas... justo el error que dices en el minuto 27, alguna idea de cómo solucionarlo, lo ejecutó en Windows
Revisa el .log para saber porque está pasando eso.
Disculpa, ¿sabes en qué software se puede hacer docking proteína-proteina?
Intenté en chimera, pero me decía que el ligando tenía exceso de atomos "/
Hay varios el que más me gusta es HADDOCK.
Podrías ayudarme por qué no me aparece la opción de minimizar energía en el Avogadro? además al instalarlo se me instala es el avogadro 1.93 y no la versión 2.0 y no sé como actualizar la versión porque ya probé reinstalando desde la terminal y sigue instalandose la misma versión
Avogadro 2 tiene muchas diferencias que limitan su uso. Pero la opción la encuentras en Extension/Openbabel/minimization. Algo así, búcala ahí en el menú.
Hola muchas gracias por tu tutorial, cuando quiero visualizar la proteina en formato de cintas en autodock tools me sale error y me dice que no hay una estructura en 2 D para la cadena A (estoy haciendo el mismo ejercicio con la misma proteína que usaste) a que puede deberse ese error?
Hola, debes estar agregando un archivo adicional. Que no tiene estructura, las cintas solo se muestran para estructuras protéicas. Actualizaré el vídeo proximamente y se vienen algunos cursos.
Disculpe Dr., ha pasado un día desde que hice mi docking con autodock y la ventana que dice "Autodock Process Manager" no desaparece. Puedo ver el archivo .dlg en mis carpeta de descargas, pero esa ventana no desaparece, ¿Qué debo hacer?
jejeje vaya que interesante, es muy grande la caja de muestreo que hiciste?, porque implica que está procesando algo por mucho tiempo. Podrías probar con VINA que es más rápido para saber si tu docking puede correr bien, y luego regresar a Autodock para el resto de parámetros. Me da curiosidad saber qué hiciste, y cuál es el tamaño de tu caja.
Hola! Estoy trabajando desde windows 11, Autodock tools no me permite ver la repersentaación de cintas y me lanza una serie de códigos. Agradeceré tu apoyo ó algún tip. Saludos!
Hola, ¿lograste solucionarlo?
¿Qué dice el código? por regular es porque un fragmento de tu archivo no es proteína. Es decir, tiene un cofactor o algo así.
Hola. Gracias por el video. Tengo un problema al generar el archivo .glg me aparece ERROR: can´t find or open receptor PDBQT file " receptor.pdbqt" si me puede ayudar con ello.
Hola, ¿lograste solucionarlo?
Literalmente no puede abrir el receptor, no tienes bien puestas las rutas o se movió el archivo. O bien no está bien tiene algún daño.
Tengo un problema, a la hora de guardar el grid.gpf no lo guarda con la extensión es decir cuando quiero correr el autogrid no me aparece el archivo.
A que se puede deber?
Ponle a mano la extensión, dale editar nombre y agrega el .gpf es un error común en windows
Me podrían ayudar a saber porque guardo el grid.gpf pero al intentar hacer el runautogrid no lo encuentra
Si lo estás haciendo en Windows es porque en ese sistema operativo no se le coloca la extensión .gpf debes agrgarsela manualmente
Si lo estás haciendo en Linux es porque la ruta que colocaste está mal escrita.
Hola Andryech. Una consulta, estoy usando AutoDock Tools 1.5.7 ¿por qué cuando abro la proteína con la cual trabajaste, Ache.pdb, puedo ver todas las representaciones del panel de "All Molecules", menos la de Ribbon. Aparece un error en una ventana de Python 2.7.11 Sheell, IndexError: String index out of range, no secondary structure set for chain: A ! ? Además de otros. Gracias.
Que extraño, pero voy a actualizar proximamente con el nuevo Autodock, veo que ya tiene bastantes diferencias
Kevin al final solucionaste ese incoveniente?
@@PerlitoOlim, Hola, estado algo ocupado. He retomado lo del docking, decirte que si continua el error, no puedo ver la estructura secundaria de esta proteína. Tienes alguna idea de como solucionarlo?
@@kevinmontalbanrivera4758 Lo que a mi me ha funcionado es abrir la molécula de la proteína ya limpia en autodock tools y una vez que la abres vuelvela a guardar, es decir sobreescribe la proteína en pdb con el archivo que ya tenías y te permitirá visualizar la proteína de la manera que deseas.
@@PerlitoOlim Di una posible solución ojala les ayude.
Perdona mi ignorancia, pero si me dedico a biología molecular (aplicado a pruebas diagnósticas), ¿de qué me servirían estas herramientas?
Casi no he incursionado en pruebas diagnósticas, no se me ocurre ningún ejemplo. Me parece que estas herramientas serían útiles en estudios previos para diseñar moléculas diana para esas pruebas. Bueno si encuentras aplicaciones después me cuentas para aprender todos. Saludos.
@@Andryech OK, Gracias
Agradezco mucho por su vídeo que me ha servido de mucho
Sin embargo me enfrente con un par de problemas al usar el programa trabajando desde Ubuntu 20.04
El primero ocurre al tratar de guardar como archivo .PDBQT, me arroja ventana con el código del error. Revisando parece ser que es debido a que la proteína seleccionada no es la indicada para trabajar con nuestro ligando, por lo que cambie y parece ser se soluciono el problema. Sin embargo se me genera un segundo error mas adelante.
El segundo error ocurre al tratar de abrir el archivo .dlg, nuevamente aparece ventana con el código. Dicho problema aun no encuentro solución
Hola, revisa lo que dice el código de error. Suelen venir bien explicados a qué se deben
Me podrías ayudar es que no sé donde modificar el pH?
Usa tu molécula a pH normal. Qué pH quieres poner?
@@Andryech necesito 7.4 de pH pero no sé en qué parte se configura :(
@@mayrajuliethmendez4710 Tu pH es fisiológico, debería de tener el estado de protonación normal que te da. Que cambios le ves en tu molécula? Tienes el avogadro azúl o naranja?
hola, quería preguntar, los archivos ud muestra al correr el autogrid, no se me están generando, y no me genera ningún dialogo de error, ¿alguna sugerencia de qué podría ser? :( gracias de antemano
Prueba hacer tu docking con UCSF Chimera y VINA, hay un vídeo en el canal. Si te funciona bien es tu proceso, si no funciona son tus moléculas.
Hola, tengo una pregunta, si el recuadro me apareció y desapareció muy rápido, ¿Qué pudo haber quedado mal? me refiero a después de haber hecho el run auto grid, saludos.
Revisa si hay un archivo ..log para poder ver el error.
Hola, me podrías ayudar a modificar el solvente en el que se esta trabajando? me gustaría trabajar con solución salina :( en AutoDock, sabes si es posible?
Hola, el docking no toma en cuenta el solvente. Si acaso puedes modificar el estado de protonación por el pH. Si quieres usar solvente debes usar dinámica molecular, te puedo ayudar con eso si quieres.
Hola, cuando quiero guardar el archivo gpf de grid box me aparece esto "you must choose a macromolecule before writing gpf" me podria indicar como solucionarlo? desde ya muchas gracias
Pues literalmente hay que seleccionar primero la macromolécula como lo hacemos en el vídeo. Puede que lo reiniciaras o se perdiera en el proceso.
Estoy usando el sistema operativo Windows y no me permite guardar ningún formato ni pdb ni pdbqt :(. Alguna sugerencia
Mi recomendación: cambiate a linux, te vas a ahorrar días de conflictos. Si no pues revisa el error que arroja. Qué te dice cuando le das guardar?
una pregunta ¿sabe por que me arroja un error al intentar ver la estructura de la proteína en listones ?
Es probable que no tenga estructura secundaria definida, por eso no encuentra alfa helices o betas plegadas. Puede que tengas fragmentos sin plegamiento también.
Hola, estaba tratando de correr autodock en Windows, pero al seleccionar Run Autogrid, me aparece este mensaje...
C:/Program Files (x86)/ The Scripps Research Institute/Autodock/4.2.6/autogrid4.exe: Sorry,I canta find or Open Grid Parameter File.
Gracias, por la ayuda y también gracias por los vídeos, me han ayudado bastante a incursionar en la bioinformática.
Es porque en Windows el archivo grid no se guarda con la extensión .glgque me parece que es la que debe tener, ponle la extensión a mano editando el nombre. Así podrá funcionar el proceso.
No me aparece el menu de Ligand Flexible Residues etc... como lo despliego
ni idea, XD. Mandame una captura del menú sin la opción. Me parece muy curioso que te ocurra eso, podríamos revisar de que se trata el bug. Si estás haciendo en windows probablemente sea que le falten librerías. Pero es la primera vez que escucho de algo así. También revisa la versión del software
¡Hola! Te gradezco por el vídeo. Pero tengo un problema, a pesar de que guarde los archivos '.gpf' y '.dpf' y sé que están en el directorio que uso, no aparecen al intentar correr el docking. ¿Cómo soluciono este problema? Trabajo en Windows.
En Windows suele pasar ese error. Ponle las terminaciones .gpf y .dpf a mano.
graciaaaaaaaaaaaaaaaaaaaas
Que tengo que hacer si mi archivo .dpf no me corre? La ventanilla desaparece y no me genera ningún archivo .dlg
Algo debes estar haciendo mal en el proceso. Vuelve a intentar. Para mejores resultados ejecuta AutodockTools desde la terminal porque cuando te pasa eso de que aparece el error y desaparece la ventana rápido queda un registro en la terminal sobre el error.
Disculpe Doctor, sabe como corregir el error del Autogrid? cuando selecciono el grid no me funciona pese a hacer todos los pasos de manera correcta.
si estás en Windows revisa que tenga la extensión correcta, si no está pónsela a mano y continua el proceso.
si no corre y desaparece el mensaje rapido que puedo hacer?
Checa cual es el error, revisa los nuevos archivos que genera y ábrelos con el bloc de notas.
Hola: Como puedo encontrar el archivo de autogrid4 en windows? ya lo busque en las carpetas de MgTools y no esta, algún consejo?
Debe estar junto al de AutoDock4, busca ese y ahí debe andar. En mi caso está en esta dirección:
C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6
Si de plano no lo encuentras vuelve a instalarlo y ahora pon atención donde se guarda.
@@Andryech muchad gracias! Ya lo encontré. Tu contenido es muy bueno, sigue subiendo videos! Saludos desde GDL
Hola, oye disculpa tengo problemas, genere mi archivo dock.dlg y al querer abrir el archivo .dlg me sale una ventana de error. No se que pasa. :(
Hola puedes mandarme msj con una captura con el mensaje de error?, y te paso mi archivo .dlg para que hagas pruebas. Mi correo es andresreyes@cinvestav.mx, o en mi pagina de fb.
@@Andryech Hola, ya te envié correo. Gracias :)
Cuál puede ser la causa de que el programa no lea el ejecutable de autogrid4 ???
Lo principal es que la ruta esté mal escrita, en otro caso que los archivos de entrada no sean adecuados y por último y sobre todo en windows, que las librerías no se hayan instalado del todo.
@@Andryech en ese caso, seria mejor desinstalar ???
Siempre es una opción, si te saltara algún error en particular lo podríamos resolver, pero así sin síntomas es difícil diagnosticar.
Hola Andrés.
Mira estoy haciendo un docking y en el minuto 19:15 cuando guardo el ligando me sale esto, y no puedo guardar mi ligando en formato pdbqt con las modificaciones que le realizas (agregar la carga, agregar hidrógenos polares y quitar hidrógenos no polares), ¿qué podría hacer para solucionar esto? Gracias por tu tiempo:
Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.
****************************************************************
Personal firewall software may warn about the connection IDLE
makes to its subprocess using this computer's internal loopback
interface. This connection is not visible on any external
interface and no data is sent to or received from the Internet.
****************************************************************
IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ====
>>> charges on carbons unchanged
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 1374, in doit
mol.LPO.write(filename)
File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 888, in write
self.writer.write(mol, outputfilename)
File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in write
ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\tree.py", line 622, in get
result = filter(selectionString, self.data)
File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in
ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'
Hola! Me sale lo mismo a mi, le has encontrado una solución??
Hay un error en la preparación del ligando. Traten de prepararlo de en primer lugar, o por separado. Les dejo un link donde se discutió ese error: www.researchgate.net/post/How_do_I_solve_this_error_in_autodock
Hola: Alguien sabe por qué no se guarda el archivo *.gpf? Gracias
Si se guarda, pero debes ponerle a mano el .gpf . Es un error de Windows
hy everyone i have one problem my rmsd reference is very hugh with very good binding affinity how can i solve this problem?
Use a smaller box
Hice todo tal cual e Iba todo bien hasta que al correr el autogrid se desaparece rápido la ventana y no me genera los archivos.. ¿ A que se debe?
Si se cierra la ventana rápido tiene un error de ejecución. Prueba ejecutar Autodock Tools desde la terminal, así cuando te pase eso podrás saber que error tienes, porque en la terminal aparece.
@@Andryech Muchas gracias. Lo alcance a solucionar. Lo que pasa es que uso windows y modifique el valor nice level de 0 a 20. Si lo dejo en cero funcióna bien.
No sabía que en Windows ponía 0, como en linux pone 20 por default. Lo anotaré en la lista de errores comunes. Gracias por la info.
Hola !
Me sucede lo mismo, intento correr el autogrid pero desaparece muy rápido la ventana y no me genera ningún mapa. Me podrían ayudar ?
Si está bien mi ruta , la extensión .gpf y en nice level al igual que usted cómo uso Windows marca 0 como valor predeterminado
@@liiskarubersa8401 cambia el valor de 0 a 20.
Nico Robin no hizo el docking:(
?