Ο Mανώλης Χατζημάρκος γεννήθηκε στον Βόλο στις 23 Απριλίου του 1927 και ήταν το 6ο παιδί της οικογενείας. Όπως δε ο ίδιος αναφέρει στην αυτοβιογραφία του ήταν όλοι καλλίφωνοι. Οι αδελφές του Ελένη, Στέλια και Άννα αλλά και ο μικρότερος ο «μπέμπης» ο Γιώργος Χατζημάρκος. Γεννήθηκε στην Νέα Ιωνία Βόλου Μαγνησίας,το 1927, από γονείς πρόσφυγες, οι οποίοι προέρχονταν από το Αϊδίνιο της Μικράς Ασίας. Πήρε τα πρώτα ακούσματα βυζαντινής μουσικής από τον πατέρα του Κωνσταντίνο , που έφερε την παράδοση των Τράλλεων της Μικράς Ασίας. Ήταν παντρεμένος με την Ιωάννα, με την οποία έχει δυο παιδιά, τον Κωνσταντίνο και τον Βασίλειο.
Διδάχτηκε την εκκλησιαστική ψαλτική παράδοση από τον Χρήστο Πάντα, τον Θεόδωρο Χατζηθεοδώρου, τον Θεοδόσιο Γεωργιάδη και τον πατριαρχικό πρωτοψάλτη Κωνσταντίνο Πρίγγο και πήρε πτυχίο και δίπλωμα βυζαντινής μουσικής με άριστα και Α' βραβείο από το Ελληνικό Ωδείο Αθηνών, όπου σπούδασε και ευρωπαική μουσική.Σε ηλικία επτά ετών διορίστηκε Α' κανονάρχης στο μητροπολιτικό ναό του Αγίου Νικολάου στον Βόλο, ενώ δώδεκα ετών έγινε πρωτοψάλτης στον Ιερό Ναό του Αγίου Γεωργίου στα Κάτω Λεχώνια. Δυο χρόνια αργότερα διορίστηκε στον ναό του Αγίου Δημητρίου στον Αλμυρό, ενώ από το 1944 ήταν πρωτοψάλτης στον μητροπολιτικό ναό του Βόλου μέχρι το 1979 που εγκαταστάθηκε στην Αθήνα. Κατά καιρούς υπηρέτησε ως πρωτοψάλτης στη Χρυσοσπηλιώτισσα Αθηνών, στον 'Αγιο Αχίλλειο Λαρίσσης και στον 'Αγιο Διονύσιο τον Αεροπαγίτη στην Αθήνα.
Επιπλέον, ο Εμμανουήλ Χατζημάρκος ίδρυσε και διηύθηνε ονομαστές χορωδίες, όπως η Βυζαντινή Χορωδία Βόλου {1946} και ο πρότυπος Βυζαντινός Χορός Αθηνών και εργάστηκε ως καθηγητής μουσικής στην εκκλησιαστική , τη μέση , την ανωτέρα και την ανώτατη εκπαίδευση . Υπήρξε ιδρυτής και συνεργάτης πολλών σχολών και διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδίας Ιεροψαλτών Ελλάδας, μέλος του εποπτικού συμβουλίου εκπαίδευσης του Υπουργείου Παιδείας, πρόεδρος των καθηγητών της εκκλησιαστικής εκπαίδευσης της Ελλάδας. Εξέδωσε επίσης πολλά βιβλία εκκλησιαστικής παραδοσιακής και ευρωπαικής μουσικής , όπως επίσης δίσκους , κασσέτες και CD εκκλησιαστικής μουσικής. Ο Εμμανουήλ Χατζημάρκος δίδασκε στο Δημοτικό Ωδείο Βόλου και στο Ωδείο Αλίμου. Ήταν επίσης συνεργάτης του ραδιοφωνικού σταθμού της Εκκλησίας της Ελλάδας και διευθυντής της Βυζαντινής Χορωδίας του Δήμου Βόλου .