Главные герои игры - спартанский воитель-полубог Кратос и его сын Атрей. Кратос - сын Зевса, ставший греческим богом войны, - поселился после разрушения Олимпа[комм. 1] на далёком севере, где встретил свою вторую жену - женщину-воина Фэй, которая родила от спартанца сына Атрея.
Действие начинается вскоре после смерти Фэй, последней волей которой было развеять её останки с высочайшей вершины всех девяти миров. Перед началом путешествия Кратос встречает незнакомца с божественными силами, чьё тело полностью покрыто татуировками. Тот явно кого-то ищет, требует от Кратоса ответов и насмехается над прошлым спартанца; конфликт переходит в ожесточённую схватку. Победив незнакомца, Кратос вместе с Атреем отправляются в путешествие.
Достигнув Озера Девяти, Кратос и Атрей встречают дружелюбного к ним Ёрмунганда - мирового змея, последнего из живых гигантов Мидгарда. Далее, на пути к вершине горы, предположительно являющейся целью их странствия, герои сталкиваются с непроницаемым чёрным туманом - тёмной магией небывалой силы, но на помощь приходит Лесная ведьма. Она отправляет путников в мир эльфов, Альвхейм, за светом, чтобы наполнить им Биврёст и пройти сквозь туман. Взобравшись на гору, странники слушают разговор незнакомца (раскрытого как Бальдр) с сыновьями Тора Магни и Моди, и пленённого Мимира, у которого боги надеются узнать местоположение героев. После того, как разочарованные боги уходят, Кратос и Атрей общаются с Мимиром; тот сообщает, что хоть данная гора и является самой высокой в Мидгарде, вершина всех миров находится в Йотунхейме - мире великанов, куда можно попасть только через закрытый портал. По просьбе Мимира Кратос отрубает ему голову, которую относит Лесной ведьме на оживление. Оживший Мимир с удивлением узнаёт в ведьме богиню Фрейю; раздражённый Кратос не желает доверять ей, но Фрейя и Мимир предупреждают его о том, что он должен рассказать Атрею о своей природе.
В поисках инструментов для открытия портала в Йотунхейм Кратос, Атрей и Мимир сталкиваются с Магни и Моди. После того, как в схватке Кратос убивает Магни, Моди сбегает, но возвращается и нападает на путников вновь. Не справившись с пробудившимся в нём гневом Спарты, Атрей теряет сознание, что Фрейя и Мимир объясняют противоречием между божественным естеством и ощущением себя как смертного. Фрейя сообщает, что для исцеления сына Кратос должен отправиться в мир мёртвых Хельхейм и заполучить там сердце стражника Моста Проклятых; поскольку «Левиафан» бессилен в этом мире, Кратос возвращается домой за своим прежним оружием - Клинками Хаоса - и встречает дух Афины, напоминающей воителю о его прошлом. В Хельхейме же Кратосу является иллюзия Зевса. Забрав сердце стражника, Кратос исцеляет с его помощью Атрея и раскрывает его природу; узнав об этом, Атрей в пути становится слишком высокомерным и убивает ослабленного Моди, несмотря на требование Кратоса не делать это. Взобравшись на вершину Мидгарда, отец и сын пытаются открыть портал, но сталкиваются с Бальдром. В битве портал разрушается, а Кратос вследствие излишней самонадеянности сына вместе с ним и Бальдром вновь оказывается в Хельхейме.
Примирившись, Кратос и Атрей на обратном пути узнают о связи Фрейи и Бальдра. По возвращении в Мидгард Мимир понимает, что существует другой проход в Йотунхейм, но для этого необходимо забрать его глаз из чрева Ёрмунганда - змей случайно проглотил его, съев статую Тора. Вслед за этим Кратос и Атрей вновь встречаются с Бальдром, который вступает с ними в сражение; Фрейя вмешивается в него, пытаясь защитить сына. В бою Атрею удаётся поразить Бальдра стрелой из омелы, таким образом сняв с него заклятие. Бальдр оказывается побеждён; Кратос даёт ему пощаду в обмен на покой для него и его семьи, чем поверженный бог пользуется, чтобы попытаться задушить Фрейю из мести; в ответ на это Кратос вынужден убить Бальдра. Опечаленная Фрейя клянётся отомстить Кратосу и укоряет его за то, что спартанец скрывает свою природу от Атрея. В итоге Кратос рассказывает сыну о своём прошлом и о том, как убивал своих сродников, включая своего отца Зевса. Атрей вопрошает о том, способны ли боги на что-то кроме отцеубийства; в ответ Кратос говорит, что они оба должны учиться из своего опыта и не повторять ошибок предшественников. В молчании Фрейя уходит с телом Бальдра; Мимир надеется, что Кратос поступил правильно и Фрейя всё же оправится от горя.
В Йотунхейме путники находят храм великанов, а в нём - роспись с изображением их странствия, в том числе их битвы с Бальдром; они понимают, что великаны предвидели всё, что произойдёт в итоге. Кроме того они узнают, что Фэй также была великаном, но избрала жизнь среди людей в Мидгарде; таким образом, в Атрее, которого мать хотела наречь Локи, течёт кровь богов, великанов и людей. Раскрывается, что Бальдр искал именно Фэй, будучи в неведении о её судьбе. Исполняя волю Фэй, Кратос и Атрей развеяли её прах на высочайшей горе Йотунхейма. Возвращаясь домой, Кратос раскрывает сыну, что его имя когда-то носил преданный товарищ-спартанец. Мимир