El Instituto de Órganos Históricos de Oaxaca A.C. es una asociación civil sin fines lucrativos que funciona en coordinación con el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH, la institución federal encargada de la protección del patrimonio cultural), oficiales de las comunidades en donde se encuentran los órganos, las autoridades eclesiásticas, los directores e investigadores de los archivos de Oaxaca e instituciones culturales municipales y federales, manteniendo una relación constante con organistas, músicos y académicos en México y el extranjero.
El IOHIO cuenta con un Consejo Consultivo constituido por 28 expertos de nueve países, que ayuda a guiar los proyectos y actividades.