La Orquesta Sinfónica Nacional de Colombia nació en el año 2003 tras la liquidación de la Orquesta Sinfónica de Colombia en diciembre de 2002. La Orquesta Sinfónica de Colombia operaba desde 1936 bajo el auspicio del Estado colombiano y fue liquidada dentro de un amplio plan de privatizaciones estatales.
Es parte de la Asociación Nacional de Música Sinfónica, una entidad sin ánimo de lucro creada por el Ministerio de Cultura de Colombia, del cual recibe amplio apoyo para sostener a la orquesta y para apoyar económicamente a otras orquestas del país.
La orquesta funcionó inicialmente con un modelo de dirección artística colegiada en la que participaron tres directores artísticos: Luis Biava, director residente de la Orquesta de Filadelfia hasta el año 2004; Alejandro Posada, director de la Orquesta Sinfónica de Castilla y León; y Eduardo Carrizosa, quien se desempeñó como director asistente de la Orquesta Filarmónica de Bogotá hasta finales del 2003. Le sucedieron Baldur Brönnimann, y luego Olivier Grangean.
A partir de 2023 su director titular es el maestro argentino-israelí Yeruham Scharovsky.