Gunnar Stubseid var en norsk musiker og folkemusikkgransker.
Han ble utdannet ved Bergen lærerhøgskole og mag.art. i etnologi fra Universitetet i Bergen på avhandlingen Frå spelemannslære til akademi. Som musiker medvirket han i gruppen Slinkombas som vant Spellemannprisen 1979 i klassen folkemusikk/gammaldans. Han ble nominert til Spellemannprisen 1987 i klassen folkemusikk/gammeldans for Rameslåtten med Ale Möller og Kirsten Bråten Berg og Spellemannprisen 1997 i klassen folkemusikk for Reiaren med Ale Möller. Han fikk Hilmarprisen i 2008 og Rff-prisen i 2015. Sammen med Hallvard T. Bjørgum ga han i 2019 ut Dreng Ose, en samling på fire CD-er og to DVD-er om spellemannen Dreng Ose. For utgivelsen ble de nominert til Folkelarmprisen 2019 i klassen dokumentasjon.
Stubseid var leder for folkemusikksamlingen ved Etno-folkloristisk institutt, var redaktør for Spelemannsbladet 1978-1988, leder i Norsk Folkemusikklag 1998-2001 og var rektor ved Ole Bull-akademiet på Voss 2003-2012.