Jagniątków założyli w 1650 r. czescy protestanci, którzy uchodząc przed prześladowaniami religijnymi przenieśli się na śląską stronę Karkonoszy. Zajmowali się chałupniczo tkactwem, a później również szlifowaniem szkła.
W 1891 założono tu opadową stację meteorologiczną, położoną na wys. 575 m n.p.m. (50°50′N 15°37′E). Średnia roczna suma opadów z lat 1891-1937 wyniosła 901 mm: najwięcej 107 mm w lipcu, najmniej 50 mm w lutym)[2]. W roku 2012 Fundacja Centrum Kultury i Rozwoju Karkonoszy odtworzyła Stację Meteorologiczną w Jagniątkowie. Mieści się ona przy ul. Agnieszkowskiej 2A przy Pierwszej Winnicy Karkonoskiej na wys. 554 m n.p.m. (50°49′16″N 15°37′01″E). Stacja ta służy badaniom klimatu Kotliny Jeleniogórskiej, prowadzonym przez Centrum Kultury i Rozwoju Karkonoszy wespół z Uniwersytetem Przyrodniczym we Wrocławiu.
Od 1901 r. aż do śmierci w 1946 r. w Jagniątkowie mieszkał niemiecki noblista w dziedzinie literatury, Gerhart Hauptmann. W jego domu zbudowanym w 1901 r. według projektu berlińskiego architekta Hansa Grisebacha urządzono Muzeum Miejskie. Od połowy XIX wieku Jagniątków był popularną miejscowością letniskową i zimowiskową; w lipcu 1907 przebywał tu Karl May[3]. Przez rok po wojnie dawny Agnetendorf nazywał się Agnieszków, ale w roku 1946 zdecydowano zmienić nazwę na obecną (po łacinie agnus oznacza "jagnię").
W 1954 polscy naukowcy prowadzili w rejonie Jagniątkowa szereg badań górniczych, mających na celu znalezienie złóż rudy uranu. Kopalnia badawcza pod górą Sośnik nosiła oznaczenie "OP-7 Jagniątków" i była eksploatowana zaledwie przez kilka miesięcy. Mimo iż badania wykazywały silne promieniowanie w tym rejonie, to rudy uranu wartej wydobycia nie znaleziono[4].
Do lat 70. XX wieku Jagniątków był wsią. W połowie lat 70. włączono go do miasta Sobieszowa (prawa miejskie od 1962 r.). 2 lipca 1976 r. Sobieszów przyłączono do Jeleniej Góry (jednak oprócz Jagniątkowa, który włączono do Piechowic)[5]. 1 stycznia 1998 Jagniątków podporządkowano Jeleniej Górze[6], której dzielnicą jest po dzień dzisiejszy.
Do 21 grudnia 2007 r. w funkcjonowało przejście graniczne Jagniątków - Petrova Bouda, które na mocy Układu z Schengen zostało zlikwidowane.
Jesienią 2012 roku z inicjatywy Fundacji Centrum Kultury i Rozwoju Karkonoszy zaprojektowany został herb miejscowości Jagniątków. Herb ten nawiązuje zarówno do położenia geograficznego, czyli Karkonoszy, czeskich protestanckich drwali - faktycznych założycieli tej miejscowości, oraz poprzez charakterystyczne cztery czerwone pasy, podkreśla pochodzenie i historię nazwy Agnetendorf/Agnieszków. Powstała ona bowiem od imienia Agnieszki, małżonki hrabiego Krzysztofa Leopolda von Schaffgotscha, właściciela zamku Chojnik. Pomagała ona prześladowanym protestantom, uciekinierom z Czech, a nazwa ta użyta została, by oddać jej cześć.
Agnetendorf ist heutzutage ein touristischer Gebirgsstadtteil von Hirschberg [Jelenia Gora]. Diese stille, ruhige und malerisch auf der Höhe von 450 - 620 m ü. d. M. im Tal von Heidewasser [Wrzosówka] gelegene Siedlung wurde in der Mitte des XVII. Jh. von tschechischen, vor Religionsverfolgungen fliehenden Protestanten gegründet. Seit Mitte des XIX. Jh. ist Agnetendorf als ein touristischer Ort bekannt. Wenn Sie in Agnetendorf sind, sollen Sie die Burg Kynast besuchen und einen Ausflug zur Agnetendorfer Schwarzen Schneegrube [Czarny Kocioł Jagniątkowski] vornehmen. In Agnetendorf lebte und arbeitete bis 1946 der deutsche Nobelpreisträger- Gerhart Hauptmann